Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
11941	O=C(Nc1ccc(OCc2ccccc2)cc1)Nc1ccc(-c2cccc(C(=O)NCC(F)(F)F)c2)cc1	AlphaDrug	5CAU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11942	Cc1ccc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)cc1NC(=O)N1CCC(c2ccc(C(C)C)cc2)CC1	AlphaDrug	5CAU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11943	Cc1nc(N2CCN(C)CC2)nc(NC2CC(C)(C)c3ccc(-c4ccncc4)cc3C(C)(C)C2)c1C	AlphaDrug	5CAU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11944	Cc1ccc(C2CC(C)(C)c3ccc(C(N)=O)cc3C(C)(C)C2)cc1Cl	AlphaDrug	5CAU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11945	CC1(C)CC(Nc2nc(-c3cccc(N4CCOCC4)c3)nc3[nH]ccc23)CC(C)(C)c2cc(-c3ccncc3)ccc21	AlphaDrug	5CAU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11946	CC1(C)CC(NC(=O)c2nc(-c3ccccc3)sc2C2CC2)CC(C)(C)c2cc(C(=O)O)ccc21	AlphaDrug	5CAU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11947	CC1(C)CC(Nc2nc(-c3cccc(Cl)c3)nc3[nH]ccc23)CC(C)(C)c2cc(-c3ccncc3)ccc21	AlphaDrug	5CAU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11948	CC1(C)CC(C(C)(C)C)CC(C)(C)c2cc(-c3cc(Nc4cncc(CO)n4)ncc3F)ccc21	AlphaDrug	5CAU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11949	CC1(C)CC(NC(=O)c2cccnc2)CC(C)(C)c2cc(-c3ccncc3)ccc21	AlphaDrug	5CAU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11950	CC1(C)CC(C(=O)O)CC(C)(C)c2cc(-c3cc(-c4ccccc4)ns3)ccc21	AlphaDrug	5CAU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11951	COc1ccc(-c2cc(O)c(O)cc2C(=O)NC2CCCCC2)cc1C(=O)O	AlphaDrug	2GNS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11952	COc1cccc(Cc2cc(C(=O)Nc3cc(C)ccc3C(=O)NC3CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC(=O)OC(C(=O)O)CSP(O)OC3)ccc2OC)c1	AlphaDrug	2GNS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11953	COc1ccc(-c2cc(O)c(O)cc2C(=O)NC2CCCCC2O)cc1C(=O)O	AlphaDrug	2GNS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11954	COc1ccc(C(=O)Nc2cccc(C)c2)cc1CN1CCN(C(=O)C2CCCCC2)CC1	AlphaDrug	2GNS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11955	COc1ccc(C(=O)N2CCC3(CCCCC3)CC2)cc1Cc1ccc(O)c(O)c1	AlphaDrug	2GNS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

11941 to 11955 of 73725 items. Total 4915 pages.