DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
11956 COc1ccc(C(=O)NC2CCCCCC2)cc1Cc1ccc(O)c(O)c1 AlphaDrug 2GNS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11957 COc1ccc(C(=O)N2Cc3ccccc3N(C(=O)CC3CC(O)CC(O)C3)C2)cc1Cc1ccc(O)c(O)c1 AlphaDrug 2GNS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11958 CC1CCCCCN1c1ccc(-c2cc(NC(=O)c3cc(O)c(O)c(O)c3)ccc2O)cc1 AlphaDrug 2GNS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11959 COc1ccc(C(=O)Nc2cccc(C)c2)cc1CN1CCN(C2CCCCC2)CC1 AlphaDrug 2GNS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11960 COc1ccc(C(=O)Nc2cc(O)cc(O)c2)cc1CN1CCN(S(=O)(=O)C2CCCCC2)CC1 AlphaDrug 2GNS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11961 COc1cccc(Cc2ccccc2)c1C(=O)N1CCC(c2nc3cc(F)c(Cl)cc3[nH]2)CC1 AlphaDrug 6CDP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11962 COc1ccc(C2CC(C(=O)N3CCc4ccccc43)N(C(=O)c3ccccc3C(F)(F)F)C2)cc1 AlphaDrug 6CDP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11963 COc1ccc(-c2ccc(C)c(NC(=O)c3cc(-c4ccccc4)ccn3)c2)cn1 AlphaDrug 6CDP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11964 COc1ccc(-c2cc(F)c(C)c(NC(=O)c3ccc(-c4ccccn4)cn3)c2)cn1 AlphaDrug 6CDP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11965 COc1ccc(-c2ccc(C)c(C(=O)NC3CCN(c4nc5cc(F)ccc5[nH]4)CC3)c2)cn1 AlphaDrug 6CDP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11966 COc1ccc(-c2ccc(CC(N)C(=O)NC(Cc3ccccc3)C(F)(F)F)c(C(F)(F)F)c2)cn1 AlphaDrug 6CDP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11967 COc1ccc(-c2ccc(C)c(C(=O)NC3CCN(c4cnc5ccccc5n4)CC3)c2)cn1 AlphaDrug 6CDP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11968 COc1ccc(-c2ccc(C)c(C(=O)NCC3CC3)c2)cn1 AlphaDrug 6CDP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11969 COc1ccc(-c2ccc(C)c(C(=O)NCc3ccc(-c4cccc(-c5nncs5)c4)cc3)c2)cn1 AlphaDrug 6CDP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11970 COc1ccc(-c2c[nH]c(C(=O)NC3CCN(c4ccc(-c5cccc(F)c5)cn4)CC3)n2)cc1 AlphaDrug 6CDP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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