DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
11896 CC(C)N1CCc2cc(CNC(C)(C)c3ccc(-c4cccc(CNC(=O)O)c4)cc3)ccc2C1 AlphaDrug 5MWY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11897 Cc1[nH]c2nc(N)nc(-c3ccc4c(c3)CCN4C(C)C)c2c1C AlphaDrug 5MWY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11898 CC(C)N1CCc2cc(-c3nc(N)c(N)nc3Nc3cccc(C(F)(F)F)c3)ccc21 AlphaDrug 5MWY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11899 Cc1ccc(-c2ccc3ccccc3c2)cc1NC(=O)c1ncc(C(C)(C)C)cc1C(=O)O AlphaDrug 5MWY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11900 CC(C)N1CCc2cc(-c3nc(N)nc4c(F)ccnc34)ccc21 AlphaDrug 5MWY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11901 CC(C)N1CCc2scc(C(=O)Nc3ccc(F)cc3)c21 AlphaDrug 5MWY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11902 CC(C)N1CCc2cc(CC(=O)NCCc3ccccc3)ccc21 AlphaDrug 5MWY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11903 CC(=O)Nc1ccc(CN2CCC(N3CCCCC3)CC2)cc1C AlphaDrug 5J1R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11904 CC(=O)Nc1ccc(CN2CCC(C(=O)Nc3ccc(-c4ccccc4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5J1R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11905 CC(=O)Nc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(C3CCN(C(=O)Cn4cccc4)CC3)s2)cc1 AlphaDrug 5J1R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11906 CC(=O)Nc1ccc(CN2CCC(NC(=O)COc3ccc(Cl)c(-c4ccccc4)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 5J1R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11907 CC(=O)Nc1ccc(CN2CCC(C(=O)Nc3ccc(-c4cnn(CCN(C)C)c4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5J1R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11908 CC(=O)Nc1ccc(CN2CCC(C(=O)Nc3cccc(-c4ccccc4)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 5J1R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11909 CC(=O)Nc1ccc(CN2CCC(C(=O)Nc3ccc(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5J1R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11910 CC(=O)Nc1cc(NC(=O)Nc2ccc(C#N)cc2)ccc1C(=O)NC1CCCCC1 AlphaDrug 5J1R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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