DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
11836 CC(=O)N1CCN(Cc2cccc(-c3ccnc4ccccc34)c2)CC1 AlphaDrug 6NU5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11837 CC(=O)N1CCN(c2ccnc(Nc3ccc(C(=O)Nc4ccccc4)cc3)n2)CC1 AlphaDrug 6NU5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11838 CC(=O)N1CCN(c2ccnc(Nc3ccc4nc(C(=O)NO)ccc4c3)c2)CC1 AlphaDrug 6NU5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11839 COc1cc(-c2ccnc(Nc3ccccc3)c2)ccc1NC(=O)OS(C)(=O)=O AlphaDrug 6NU5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11840 CC(=O)N1CCN(c2ccnc(Nc3ccc4nc(-c5ccc(Cl)cc5)ccc4c3)c2)CC1 AlphaDrug 6NU5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11841 CC(=O)N1CCN(c2ccnc(Nc3ccc4nc(-c5ccc(Cl)cc5)cn4c3)c2)CC1 AlphaDrug 6NU5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11842 CC(=O)N1CCN(c2ccnc(Nc3ccc4nc(C(=O)N(C)C)ccc4c3)c2)CC1 AlphaDrug 6NU5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11843 Cc1cc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)cc2[nH]c(C(=O)NC(C)c3cc(C(=O)O)cc(C(F)(F)F)c3)cc12 AlphaDrug 3ZJ6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11844 O=C(Nc1cc(-c2ccccc2C(F)(F)F)nc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)n1)c1ccc(N2CCCNCC2)cc1 AlphaDrug 3ZJ6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11845 Cc1cc(-c2cccc(C(=O)O)c2)cc2[nH]c(C(=O)NC(C)c3cccc(Cl)c3)cc12 AlphaDrug 3ZJ6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11846 Cc1cc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)cc2[nH]c(C(=O)NC(C)c3[nH]nc4c(C(=O)NO)cccc34)cc12 AlphaDrug 3ZJ6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11847 Cc1n[nH]c(C)c1C(C)NC(=O)c1cc2c(C)cc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)cc2[nH]1 AlphaDrug 3ZJ6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11848 CC(NC(=O)c1cc(CC(=O)O)c(-c2ccc(F)cc2)cc1Cl)c1cccc(Cl)c1 AlphaDrug 3ZJ6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11849 Cc1cc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)cc2[nH]c(C(=O)NC(C)c3[nH]nc4ccccc34)cc12 AlphaDrug 3ZJ6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11850 Cc1ccc(Cl)cc1C(C)NC(=O)c1cc2c(C)cc(-c3ccc(C(F)(F)F)cc3)cc2[nH]1 AlphaDrug 3ZJ6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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