DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
11806 Nc1nc(Nc2cccc(Cl)c2)c(Cl)n1-c1cc(C(=O)O)cs1 AlphaDrug 4ZBF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11807 Cc1cc(Nc2ncc(F)c(N)n2)cc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 4ZBF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11808 Nc1nccc(-c2cccc(NC(=O)c3ccccc3)c2)c1COc1cccc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 4ZBF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11809 Nc1nc(Nc2cc(Cl)cc(-c3ccccc3)c2)cc(N2CCN(C(=O)O)CC2)n1 AlphaDrug 4ZBF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11810 Nc1nc(Nc2cc(Oc3ccccc3)ncn2)cc(OCC2CCCC2)c1C(=O)O AlphaDrug 4ZBF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11811 Nc1nccc(Cl)c1Nc1cc(-c2cc(F)cc(C(=O)O)c2)ncc1C(=O)O AlphaDrug 4ZBF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11812 Nc1cc(Nc2cccc(Cl)c2)nc(-c2cc(OCCO)ccc2OC(F)(F)F)n1 AlphaDrug 4ZBF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11813 Cc1ccc(NC(=O)c2ccc(-c3cnn(C)c3)cc2)cc1-c1ccccc1 AlphaDrug 6R18 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11814 Cn1cc(-c2ccc(C(=O)NCc3ccc4c(c3)OCO4)cc2)cn1 AlphaDrug 6R18 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11815 Cc1ccc(-c2ccccc2C(=O)NCC(F)(F)F)cc1CNC(=O)c1ccc(-c2cnn(C)c2)cc1 AlphaDrug 6R18 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11816 Cn1cc(-c2ccc(C(=O)NCc3ccccc3-c3cccc(Cl)c3)cc2)cn1 AlphaDrug 6R18 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11817 Cn1cc(-c2ccc(C(=O)NCc3ccc(S(C)(=O)=O)cc3)cc2)cn1 AlphaDrug 6R18 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11818 Cn1cc(-c2ccc(C(=O)NCc3cccc(-c4cccc(Cl)c4)n3)cc2)cn1 AlphaDrug 6R18 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11819 Cn1cc(-c2ccc(C(=O)NCc3cccc(-c4ccccc4C(F)(F)F)c3)cc2)cn1 AlphaDrug 6R18 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11820 Cn1cc(-c2ccc(-c3ccc(C(=O)NCCCCC(=O)NCC(N)NC4CCCCC4)cc3)cc2)cn1 AlphaDrug 6R18 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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