Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
11776	Cc1ccc2[nH]c(C(NC(=O)c3cccc(N4CCOCC4)n3)c3c(F)cccc3F)cc2c1	AlphaDrug	5HJQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11777	Cc1ccc2[nH]c(C(/N=C/CN3CC(C)(O)C3)C(=O)NCCOc3cccc(C(=O)O)c3)cc2c1	AlphaDrug	5HJQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11778	Cc1ccc2[nH]c(C(NC(=O)c3cccc(N4CCC(N5CC(O)C5=O)CC4)n3)C(=O)O)cc2c1	AlphaDrug	5HJQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11779	O=C(NC(c1ccc(F)cc1)C(F)(F)F)c1cccc(NS(=O)(=O)Cc2ccc3ccccc3c2)c1	AlphaDrug	5HJQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11780	Cc1ccc2[nH]c(C(/C=C/C(=O)O)NC(=O)c3cccc(Cl)c3)cc2c1	AlphaDrug	5HJQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11781	Cc1ccc2[nH]c(N3CCCC(C(=O)NCCOc4cccc(C(=O)O)c4)C3)cc2c1	AlphaDrug	5HJQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11782	Cc1ccc2[nH]c(C(NC(=O)c3cccc(N4CCC(c5cccc(OCC(=O)O)c5)CC4)n3)C(=O)O)cc2c1	AlphaDrug	5HJQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11783	Cc1ccc(C(=C2CCN(C(=O)C3CCN(C(=O)C4CCN(C(=O)C5CC5)CC4)CC3)CC2)c2cc(-c3ccc(C(F)(F)F)cc3)cc3cc(Cl)ccc23)cc1	AlphaDrug	4QB3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11784	Cc1ccc(C(=C2CCN(C(=O)C3CCN(C(=O)C4CCN(C(=O)C5CCCCC5)CC4)CC3)CC2)c2cc(-c3ccccc3F)cc3ccccc23)cc1	AlphaDrug	4QB3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11785	CC(=O)N1CCC(=C(C(=O)N2CCCC2C(=O)NO)c2ccc(C)cc2)CC1	AlphaDrug	4QB3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11786	Cc1ccc(C(=C2CCN(C(=O)C3CCN(C(=O)C4CCCCC4)CC3)CC2)c2cc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)ccn2)cc1	AlphaDrug	4QB3	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11787	C=C(NC(=O)c1ccc(COc2ccc(CC(NS(=O)(=O)C(C)C)c3ccccc3)cc2)cc1)c1ccc(C)cc1	AlphaDrug	4QB3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11788	Cc1ccc(C(C(=O)O)=C2CCN(C(=O)C3CCN(C(=O)C4CCNC(=O)c5ccccc5-c5ccccc54)CC3)CC2)cc1	AlphaDrug	4QB3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11789	Cc1cc(-c2cccc3ccccc23)cc2nc(-c3cc(-c4ccccc4)ccc3Cc3ccccc3)[nH]c12	AlphaDrug	4QB3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11790	Cc1ccc(/C(=C2/C=CN(C(=O)C3CCN(C(=O)C4CCCC4)CC3)CC2)c2ccc(-c3ccccc3)cc2)cc1	AlphaDrug	4QB3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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