DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
11821 Cn1cc(-c2ccc(C(=O)NCc3ccc4c(c3)N(C(=O)N3CCCCC3)C4)cc2)cn1 AlphaDrug 6R18 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11822 Cn1cc(-c2ccc(C(=O)NCc3ccc4cnc(-c5ccccc5)nc4c3)cc2)cn1 AlphaDrug 6R18 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11823 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(C(Cc3ccccc3)C(=O)O)cc2)cc1 AlphaDrug 4OMJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11824 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(N3CCC4(CCN(c5cccc(Cl)c5)C4=O)CC3=O)cc2)cc1 AlphaDrug 4OMJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11825 Cc1ccc(C)c(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(Cl)c3)cc2)c1 AlphaDrug 4OMJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11826 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(OCC3CCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 4OMJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11827 Cc1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)Nc2ccc(C(C)(C)C)cc2)cc1 AlphaDrug 4OMJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11828 Cc1cccc(NC(=O)c2nc3cccc(C)c3[nH]2)c1C(F)(F)F AlphaDrug 4OMJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11829 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(N3CCC(NC(=O)c4cccc(Cl)c4)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 4OMJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11830 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(NCC3CCCCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 4OMJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11831 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(NS(=O)(=O)c4cccc(Cl)c4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 4OMJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11832 Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(NCc4cccc(C(F)(F)F)c4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 4OMJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11833 CC(=O)N1CCN(c2ccc(-c3ccnc4cc(-c5ccc(N6CCN(C)CC6)cc5)nn34)cc2)CC1 AlphaDrug 6NU5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11834 CC(=O)N1CCN(c2ccnc(Nc3ccc4nc(-c5ccccn5)ccc4c3)n2)CC1 AlphaDrug 6NU5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11835 CC(=O)N1CCN(c2ccnc(-c3ccnc(NS(C)(=O)=O)c3)c2)CC1 AlphaDrug 6NU5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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