DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
11791 Cc1ccc(C(=C2CCN(C(=O)C3CCN(C(=O)C4CCN(C(=O)C(F)(F)F)CC4)CC3)CC2)c2cc(-c3ccc(C(F)(F)F)cc3)cc3ccccc23)cc1 AlphaDrug 4QB3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11792 Cc1ccc(-c2cc(C(F)(F)C(F)(F)F)cnc2-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1 AlphaDrug 4QB3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11793 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)c3ccc(C(F)(F)F)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5E28 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11794 CC(NC(=O)c1cc(-c2ccc(C3CCCCCC3)cc2)on1)c1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 5E28 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11795 CC(NC(=O)c1cc(-c2cccc(OCCC3CC=CCCC3)c2)on1)c1ccccc1 AlphaDrug 5E28 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11796 CC(NC(=O)c1cc(-c2ccc(C3CCCCCC3)cc2)on1)c1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 5E28 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11797 CC(NC(=O)Cc1ccc(C(F)(F)F)o1)c1cccc(OCC(=O)O)c1 AlphaDrug 5E28 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11798 CC(NC(=O)c1cc(-c2ccc(C3CCCCCC3)cc2)on1)c1ccc(C(=N)N)cc1 AlphaDrug 5E28 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11799 CC(C)N(C)C(=O)c1cc(-c2ccc(C(F)(F)F)cc2)ccc1OCC(C)(C)O AlphaDrug 5E28 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11800 CC(NC(=O)NC1C=CCCCC1)c1cc(-c2ccc(F)cc2)ccc1O AlphaDrug 5E28 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11801 CS(=O)(=O)Nc1cc(-c2ccc(C(F)(F)F)cc2)ccc1C(=O)O AlphaDrug 5E28 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11802 CC(NC(=O)N1CCC(c2ccc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)cc2)CC(C)(C)C1)c1ccc2c(ccn2C)c1 AlphaDrug 5E28 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11803 Nc1nccc(-c2cc(Cl)cc(NC(=O)Nc3cc(C(F)(F)F)nc(C4CC4)n3)c2)n1 AlphaDrug 4ZBF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11804 Nc1nc(Nc2cc(C(F)(F)F)ccc2Cl)cc(N2CCN(C(=O)NC3CCCCC3)CC2)n1 AlphaDrug 4ZBF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11805 Nc1nc(Nc2ccc(C(=O)O)cc2)cc2nc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)[nH]c12 AlphaDrug 4ZBF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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