Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
11746	Cc1ccc(CC(N)C(=O)NC(C(=O)Nc2ccc(C(N)=O)c(CC(C)C)c2)C(=O)NS(C)(=O)=O)cc1	AlphaDrug	5DBM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11747	CC(C)Cc1cc(NC(=O)C(NC(=O)C(N)Cc2ccc(OC(C)c3ccc(OC(C)C)cc3)cc2)c2cccc(OC(C)(C)C)c2)cc(C(=O)O)c1	AlphaDrug	5DBM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11748	CC(C)Cc1cc(-c2ccc(C(=O)NC3CCN(C4CC4)CC3)cc2)ccc1N1CCN(C2CCCC2)CC1	AlphaDrug	5DBM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11749	CC(C)CC1=C(C(F)(F)F)/C=C\C(NC(=O)C(N)Cc2ccc(OC(C)C(=O)O)c(O)c2)C(=O)N/C(c2cccc(C(F)(F)F)c2)=C\1	AlphaDrug	5DBM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11750	Cc1cccc(C(NC(=O)C(N)Cc2ccc(O)cc2)C(=O)Nc2ccc(C(N)=O)c(CC(C)C)c2)c1	AlphaDrug	5DBM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11751	Cc1cc2sc(C)c(CC(N)C(=O)NC(C(N)=O)C(=O)Nc3ccc(C(F)(F)F)c(CC(C)C)c3)c2cc1C	AlphaDrug	5DBM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11752	CC(C)Cc1ccc(-n2c(C(=O)NS(=O)(=O)c3ccc(Cl)cc3)nc3cc(C(C)(C)C)ccc32)cc1	AlphaDrug	5DBM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11753	CC1(C)CCC(c2cccc(-c3ccc(N4CCN(C(=O)O)CC4)cc3)c2)C(=O)c2ccccc2O1	AlphaDrug	4QYY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11754	CC1(C)CCC(C(=O)c2ccc(-c3ccc(F)c(NS(=O)(=O)c4ccc(F)cc4)n3)cc2)(c2ccccc2)C1	AlphaDrug	4QYY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11755	CC1(C)CCC(C(=O)c2ccc(-c3ccc(CN4CCNCC4)cc3)cc2)(c2ccccc2)C1	AlphaDrug	4QYY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11756	CC1(C)CCC(Oc2ccc(NC(=O)Nc3ccc(-c4nc5ccc(F)cc5[nH]4)cc3)cc2)CC1	AlphaDrug	4QYY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11757	CC1(C)CCC(C(=O)c2ccc(-c3ccccc3)cc2)(c2ccc(-c3ccccc3)cc2)C1	AlphaDrug	4QYY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11758	CC1(C)C=CC(C(=O)c2ccc(-c3ccc(Cc4ccc(F)c(F)c4)cc3)cc2)(c2ccccc2)C1	AlphaDrug	4QYY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11759	CC1(C)CCC(C(=O)c2ccc(-c3ccc(F)c(NS(=O)(=O)c4cccc(Cl)c4)n3)cc2)(c2ccccc2)C1	AlphaDrug	4QYY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11760	CC1(C)CCC(C(=O)c2ccc(-c3ccc(-c4nnn[nH]4)cc3)cc2)C1	AlphaDrug	4QYY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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