DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
11686 Cc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc3c(c2)nc(C)n3Cc2cccc(Cl)c2)cc1 AlphaDrug 5NW2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11687 Cc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc(C4(c5cccc(F)c5)CC4)cc3)o2)cc1 AlphaDrug 5NW2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11688 Cc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc(C4(c5ncc(C#N)cn5)CC4)cc3)o2)cc1 AlphaDrug 5NW2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11689 Cc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3cccc(N4CCN(c5ccc(C(F)(F)F)c(F)c5)CC4)n3)o2)cc1 AlphaDrug 5NW2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11690 Cc1ccc(-c2cc(COc3ccc(Cl)cn3)c(=O)n(C)c2)cc1NS(=O)(=O)c1ccccc1C AlphaDrug 5NW2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11691 Cc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc(C4(c5cccc(F)c5)CC4)cc3)o2)cc1 AlphaDrug 5NW2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11692 Cc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc(C4(c5cccc(F)c5)CC4)cc3)o2)cc1 AlphaDrug 5NW2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11693 Cc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc(C4(c5ccccc5-c5nccs5)CC4)cc3)o2)cc1 AlphaDrug 5NW2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11694 Cc1ccc(-c2cc(C(F)(F)F)sc2C2(c3nc(-c4ccc(C5CC5)cc4)no3)CCC2)cc1 AlphaDrug 5NW2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11695 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(c3ccc(C4CCCCC4)cc3)C2)cc1 AlphaDrug 5NW2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11696 Cc1ccc(CC(C)NC(=O)CC(Cc2ccc(C(=O)O)cc2)c2ccc3ccccc3c2)cc1 AlphaDrug 5J0D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11697 COP(=O)(O)C(F)(F)COc1cc(Cc2cccc(C(=O)O)c2)ccc1OC(=O)C=C(C)C AlphaDrug 5J0D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11698 Cc1ccc(-c2cc(C(=O)O)ccc2CC(C)C(=O)NC(=O)NC2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 5J0D ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11699 Cc1ccc(CC(C)NC(=O)CC(C(=O)Nc2ccccc2)c2ccc3ccccc3c2)cc1 AlphaDrug 5J0D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11700 Cc1ccc(CC(C)NC(=O)CC(Cc2cccc(C)c2)NC(=O)NC(=O)C(Cc2ccccc2)NC(=O)C2CCC(CC(C)C)C2)cc1 AlphaDrug 5J0D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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