DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
11656 Cc1ccc(NC(=O)N(C)Cc2ccccc2)cc1NC(=O)Nc1cccc(-c2cccc3[nH]ccc23)c1 AlphaDrug 4YMG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11657 Cc1ccc(NC(=O)N(C)Cc2ccccc2)cc1NC(=O)Nc1cccc(-c2ccc(F)cc2)c1 AlphaDrug 4YMG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11658 CN(Cc1ccccc1)C1CCN(C(=O)c2ccc(Oc3ccccc3)cc2)CC1 AlphaDrug 4YMG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11659 CC1=CCC(NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(Cc2ccccc2)NC(=O)Nc2ccccc2)CC1 AlphaDrug 4M8Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11660 CC1=C(C(=O)O)C(NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(Cc2ccccc2)NC(=O)Nc2ccccc2)CC1 AlphaDrug 4M8Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11661 CC(C)CC(=O)Nc1cc(-c2ccccc2Cc2ccccc2)ccc1N AlphaDrug 4M8Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11662 CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C1Cc2ccncc2C1)C(=O)NCc1ccncc1 AlphaDrug 4M8Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11663 Cc1n[nH]c2nc(C(=O)NC(Cc3ccccc3)N(Cc3ccccc3)CC(C)C)cnc12 AlphaDrug 4M8Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11664 CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(NCc1ccccc1)c1ccncc1)C(=O)O AlphaDrug 4M8Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11665 CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccccc1)C(=O)NCc1ccncc1Cl AlphaDrug 4M8Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11666 CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)Nc1ccccc1)C(=O)NC1CCC(C)C1(O)C(=O)O AlphaDrug 4M8Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11667 CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)c1ccncc1N)C(=O)O AlphaDrug 4M8Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11668 CC(C)Cc1ccc(-c2ccc(-c3ccccc3C(=O)O)cc2)cc1 AlphaDrug 4M8Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11669 CNC(=O)c1ccc(NC(=O)c2cc(C)cc(C)c2Cl)cc1 AlphaDrug 6FUI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11670 Cc1ccc(C2CC(N)C(NC(=O)C(O)CC(CC(C)C)C(=O)O)C2)cc1Oc1cccc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 6FUI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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