DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
11641 CC(C)CC(NC(=O)c1ccc(Nc2nc(Cc3ccccc3)nc3ncnc(N)c23)cc1)C(C)C AlphaDrug 6JTC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11642 CC(C)CC(NC(=O)c1cc2cc(O)ccc2o1)C1CCCCC1 AlphaDrug 6JTC ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11643 Cc1cc(F)c(C(=O)Nc2ccc(-c3ccccc3)cc2)cc1N1CCN(C)CC1 AlphaDrug 6JTC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11644 CC(C)CC(NC(=O)c1ccc(Nc2nc(-c3ccccc3)nc3cc(O)ccc23)cn1)C(=O)NC1CCC(O)C1 AlphaDrug 6JTC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11645 CC(C)CC(NC(=O)c1ccc(Nc2nc(-c3ccccc3)cc(C(F)(F)F)n2)cn1)C(=O)NC1CCC(O)C1 AlphaDrug 6JTC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11646 CC(C)CC(NC(=O)c1ccc(Nc2nc(-c3ccccc3)cc(C(F)(F)F)n2)cc1)C(=O)NC(C)c1ccnc(Cl)c1 AlphaDrug 6JTC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11647 CC(C)CC1C(=O)C(Cc2ccccc2)NC(=O)C1c1ccc(O)cc1 AlphaDrug 6JTC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11648 CC(C)CC(NC(=O)c1ccc(Nc2nc(-c3ccccc3)cc(C(F)(F)F)n2)cc1)C(=O)NC1CCC(O)C1O AlphaDrug 6JTC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11649 CN(CCNc1ccc(-c2cccc(NC(=O)Nc3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)cc1)Cc1ccccc1 AlphaDrug 4YMG ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11650 Cc1ccc(NC(=O)N(C)Cc2ccccc2)cc1NC(=O)Nc1cccc(-c2cccc3ccccc23)c1 AlphaDrug 4YMG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11651 Cc1ccc(NC(=O)N(C)Cc2ccccc2)cc1NCc1nc2ccccc2c(=O)[nH]1 AlphaDrug 4YMG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11652 Cc1ccc(NC(=O)N(C)Cc2ccccc2)cc1NC(=O)Nc1cccc(-n2ccnc2)c1 AlphaDrug 4YMG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11653 CC(C)N1C=CN(c2ccc(C(=O)Nc3ccccc3NC(=O)N(C)Cc3ccccc3)cc2)CC1 AlphaDrug 4YMG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11654 Cc1ccc(NC(=O)N(C)Cc2ccccc2)cc1NC(=O)Nc1cccc(Cl)c1 AlphaDrug 4YMG ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11655 O=C(Nc1cc(-c2cccc3ccccc23)ccc1C(=O)NO)c1ccc(-c2ccc(Cl)cc2)cc1 AlphaDrug 4YMG ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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