Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
11596	O=C(c1ccc(-c2cccc(N3CCN(CCc4ccccc4)CC3)c2)cc1)N1CCCCC1	AlphaDrug	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11597	O=C(c1ccc(-c2cccc(N3CCN(CCCc4cccc(Cl)c4)CC3)c2)cc1)N1CCOCC1	AlphaDrug	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11598	NC1CCCCC1C(=O)N1CCN(CCc2cccc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)CC1	AlphaDrug	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11599	Cc1cccc(S(=O)(=O)NC(=O)C2CCCC(NS(=O)(=O)c3ccc4c(c3)cc(C)n4CCCOC(F)F)CC2)c1	AlphaDrug	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11600	Cc1cccc(S(=O)(=O)NC(=O)C2CCCC(NS(=O)(=O)c3cccc(-c4cnccn4)c3)CC2)c1	AlphaDrug	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11601	Cc1cccc(S(=O)(=O)NC(=O)C2CCCC(NS(=O)(=O)C3=C\C=C4C5=C/C=C/C(=N/3)CCC\4C5)CC2)c1	AlphaDrug	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11602	Cc1cccc(S(=O)(=O)NC(=O)C2CCCC(NS(=O)(=O)c3cccc(C(F)(F)F)c3)C2)c1	AlphaDrug	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11603	Cc1cccc(S(=O)(=O)NC(=O)C2CCCC(NS(=O)(=O)c3ccc4c(c3)C=CC4)CC2)c1	AlphaDrug	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11604	Cc1cccc(S(=O)(=O)NC(=O)C2CCCC(NS(=O)(=O)c3ccc4c(CCCC5CC5)cccc4n3)CC2)c1	AlphaDrug	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11605	Cc1cccc(S(=O)(=O)NC(=O)C2CCCC(NS(=O)(=O)c3cccc(C4CCCCCC4)c3)CC2)c1	AlphaDrug	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11606	Cc1cccc(S(=O)(=O)NC(=O)C2CCCC(NS(=O)(=O)c3cccc(-c4cccc(F)c4)c3)CC2)c1	AlphaDrug	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11607	Cc1cccc(S(=O)(=O)NC(=O)C2CCC(NS(=O)(=O)c3cccc(C4CCCCC4)c3)CC2)c1	AlphaDrug	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11608	Cc1cccc(S(=O)(=O)NC(=O)C23CCCC(CC2)NC(=O)CCCCCCCC(=O)NC(CCC(C)(C)C)CC3)c1	AlphaDrug	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11609	Cc1cccc(-c2cccc(S(=O)(=O)NC3CCCC(C(=O)NS(=O)(=O)c4cccc(C)c4)CC3)c2)c1	AlphaDrug	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11610	Cc1cccc(S(=O)(=O)NC2CCCCC(C(=O)N3CCN(c4cccc(-c5ccccc5)c4)CC3)C2)c1	AlphaDrug	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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