Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
11611	Cc1cccc(S(=O)(=O)NC(=O)C2CCCC(NS(=O)(=O)c3cccc(-n4ncnn4)c3)CC2)c1	AlphaDrug	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11612	Cc1cc(-c2cccc(C3CCCCC3)c2)cc(N2CCN(C(=O)C3CCCCC3)CC2)n1	AlphaDrug	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11613	FC(F)(F)c1cccc(CCN2CCN(c3cccc(-c4ccc(N5CCCCC5)nc4)c3)CC2)c1	AlphaDrug	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11614	Cc1cccc(S(=O)(=O)NC(=O)C2CCCC(c3cccc(C4CCCCC4)c3)CC2)c1	AlphaDrug	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11615	N#Cc1cncnc1-c1cccc(N2CCN(CCc3cccc(C4CCCCC4)c3)CC2)c1	AlphaDrug	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11616	O=C(c1ccc(-c2cccc(N3CCN(CCc4cccc(Cl)c4)CC3)c2)cc1)N1CCOCC1	AlphaDrug	3AF2	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11617	Cc1cccc(S(=O)(=O)NC(=O)C2CCCC(NS(=O)(=O)c3cccc(-n4cnc(-c5ccccc5)n4)c3)CC2)c1	AlphaDrug	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11618	Cc1cccc(S(=O)(=O)NC(=O)C2CCCCC(NS(=O)(=O)c3cccc(C(F)(F)F)c3)C2)c1	AlphaDrug	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11619	Clc1cccc(CCN2CCN(c3cccc(-c4ccc(N5CCCCCC5)nc4)c3)CC2)c1	AlphaDrug	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11620	Cc1cccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2cccc(-n3cnc(N4C=CCCC4)n3)c2)c1	AlphaDrug	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11621	Nc1cc(-c2cccc(N3CCN(CCc4cccc(C5CCCCCC5)c4)CC3)c2)ncn1	AlphaDrug	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11622	Cc1cccc(-c2ncn(-c3cccc(C(=O)NS(=O)(=O)c4cccc(C)c4)c3)n2)c1	AlphaDrug	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11623	Cc1cccc(S(=O)(=O)NC(=O)C2CCCC(NS(=O)(=O)c3cccc(C4CC4)c3)CC2)c1	AlphaDrug	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11624	Cc1cccc(S(=O)(=O)NC(=O)C2CCCC(NS(=O)(=O)c3cccc(C(F)(F)F)c3)CC2)c1	AlphaDrug	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11625	Cc1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2cccc(N3CCN(C4CCCCC4)CC(F)(F)C(F)(F)C(F)(F)C(F)(F)C(F)(F)C(F)(F)C3)c2)cc1	AlphaDrug	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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