Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
11671	CNC(=O)c1ccc(Nc2cc(-c3c(O)cccc3Cl)sn2)c(O)c1	AlphaDrug	6FUI	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11672	CNC(=O)c1ccc(N2C3CCC2CN(c2ccc(C)c(OC)c2)CC3)c(O)c1	AlphaDrug	6FUI	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11673	CNC(=O)c1cc(NC2CCC(NC(=O)c3cc(Cl)ccc3Cl)CC2)no1	AlphaDrug	6FUI	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11674	CNC(=O)c1ccc(-c2cc(-c3ccc(Cc4ccc(O)c(O)c4)cc3C(=O)O)no2)cc1	AlphaDrug	6FUI	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11675	CNC(=O)c1ccc(-c2cc(C(N)=O)nc3ccccc23)cc1	AlphaDrug	6FUI	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11676	CNC(=O)c1ccc(-c2cc(-c3ccc(Cc4ccc(O)c(O)c4)cc3C(F)(F)F)no2)cc1	AlphaDrug	6FUI	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11677	CC(O)C(=O)N1CCCC(c2ccc(C(=O)Nc3ccc(F)c(S(=O)(=O)Cc4ccccc4)c3)cc2)C1	AlphaDrug	5DXT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11678	NC(=O)N1CCN(C(=O)c2ccc(N(CC3CC3N)c3ccc(F)cc3)cc2)CC1	AlphaDrug	5DXT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11679	CC1(C(=O)N2CCN(c3ccc(Cl)c(S(=O)(=O)Cc4ccccc4)c3)CC2)CC2CC(N)C2C1	AlphaDrug	5DXT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11680	NC1CC2CN(c3ccc(OCC4CC4)cc3)CC2CN1S(=O)(=O)c1ccc(F)cc1	AlphaDrug	5DXT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11681	N#Cc1cccc(C(=O)Nc2cc(Cl)c(O)c(N3CC4CC(N)C4C3)c2)c1	AlphaDrug	5DXT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11682	COC1C(N)CC2OC1(C)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	5DXT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11683	NC1CCCN(C(=O)c2ccc(C(=O)Nc3ccc(F)c(S(=O)(=O)Cc4ccc(F)cc4)c3)cc2)C1	AlphaDrug	5DXT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11684	NC1CCN(C(=O)c2ccc(C(=O)Nc3ccc(F)c(S(=O)(=O)Cc4ccc(F)cc4)c3)cc2)CC1	AlphaDrug	5DXT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11685	NC(=O)C1CC(C(=O)N2CCN(C(=O)c3ccc(O)c(C4CC4N)c3)CC2)CN1	AlphaDrug	5DXT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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