Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
11716	COc1ccc(-c2cc(-c3cc(OCC(=O)O)cc(OC)c3OC)[nH]n2)cc1	AlphaDrug	4ZCS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11717	COc1ccc(-c2ccc(C(=O)NCc3ccccc3)c3ccccc23)cc1	AlphaDrug	4ZCS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11718	COc1ccc(-c2nc3c(N)nc(Cl)c(NCC4CCCCCC4)n3n2)cc1	AlphaDrug	4ZCS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11719	COc1ccc(-c2noc(-c3cc4cc(C)c(OCC5CCCCCC5)cc4o3)n2)cc1	AlphaDrug	4ZCS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11720	COc1ccc(-c2cc(-c3cccc(C(=O)O)c3)nc(NCc3ccccc3)n2)cc1	AlphaDrug	4ZCS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11721	COc1ccc(-c2cnc(C(=O)O)cc2NC(Cc2ccccc2)C(=O)O)cc1	AlphaDrug	4ZCS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11722	COc1ccc(-c2ccc3nc(-c4cccc(OCCCNC(=O)c5cccc(Cl)c5)c4)[nH]c3c2)cc1	AlphaDrug	4ZCS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11723	COc1ccc(-c2ccc3c(c2)CN(Cc2ccccc2)C(=O)C3)cc1	AlphaDrug	4ZCS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11724	NC(=O)CC(=O)Nc1cc2c(-c3ccc(-c4ccc(Cl)cc4)cc3)cc(Cl)c(O)c2[nH]1	AlphaDrug	6AJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11725	NC(=O)CC(=O)Nc1cc2c(-c3ccc(-c4ccccc4)cc3)cc(Cl)c(O)c2[nH]1	AlphaDrug	6AJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11726	NC(=O)CC(=O)Nc1cccc(-c2ccc(-c3ccnc(NC(=O)CC(F)(F)F)n3)cc2)c1	AlphaDrug	6AJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11727	NC(=O)CC(=O)Nc1cc2c(-c3ccc(-c4ccc(F)c(Cl)c4)cc3)cc(Cl)c(O)c2[nH]1	AlphaDrug	6AJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11728	NC(=O)CC(=O)Nc1cc2c(-c3cccc(NC(=O)C4CC4)c3)cc(F)cc2[nH]1	AlphaDrug	6AJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11729	NC(=O)CC(=O)Nc1cc2c(-c3ccc(-c4ccc5c(O)cccc5c4)cc3)cc(Cl)c(O)c2[nH]1	AlphaDrug	6AJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11730	NCCCC(=O)Nc1cccc(-c2ccc(NC(=O)C(=O)Cc3ccc(CCCC(N)=O)cc3F)cc2)c1	AlphaDrug	6AJY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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