DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
11761 CC1(C)CC(CC(=O)NC(=O)c2ccc(-c3ccc(F)cc3)cc2)(c2ccccc2)NC1=O AlphaDrug 4QYY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11762 CC1CN(C(=O)NC2CCCCC2)CCN1C(=O)NC(=O)c1cn(CC(=O)O)c2ccccc12 AlphaDrug 4QYY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11763 O=C(Nc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1ccnc(NC2CCN(S(=O)(=O)c3ccc(Cl)cc3)CC2)n1 AlphaDrug 5NK4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11764 CC12OC(CC1(O)CO)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)CCNC4=O AlphaDrug 5NK4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11765 CC12OC(CC1(O)CO)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)NCCCNC4=O AlphaDrug 5NK4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11766 CC(O)(c1ccc(-c2ccc(-c3ccccc3)cc2)cc1)C1CCC(O)(C(=O)NO)C1 AlphaDrug 5NK4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11767 Clc1ccc(-c2nc(N3CCNC3)c3ncn(C4CC4)c3n2)cc1 AlphaDrug 5NK4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11768 CC(C)(O)C1(O)CCC2C3CCCc4cc(O)ccc4C3CCC21C AlphaDrug 5NK4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11769 COC1C(C(=O)c2ccccc2)CC2OC1(C)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4 AlphaDrug 5NK4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11770 CC12OC(CC1(O)CO)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)CCNC4=O AlphaDrug 5NK4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11771 CC12OC(CC1(O)CO)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C=NC4=O AlphaDrug 5NK4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11772 CC12OC(CC1(O)CO)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)CCNC4=O AlphaDrug 5NK4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11773 Cc1ccc2[nH]c(C(NC(=O)c3cccc(N4CCC(c5ccccn5)CC4)n3)C(=O)NCC(=O)O)cc2c1 AlphaDrug 5HJQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11774 Cc1ccc2[nH]c(C(NC(=O)c3cccc(N4CCC(c5ccccc5)CC4)n3)C(=O)O)cc2c1 AlphaDrug 5HJQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11775 COC1CCN(c2cccc(C(=O)NC(c3ccccc3)c3cc4cc(C)ccc4[nH]3)n2)CC1 AlphaDrug 5HJQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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