Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
11536	Cc1c(NC(=O)N(C)Cc2cccc(C(=O)N3CCN(c4ccc(Cl)cc4)CC3)c2)nnn1-c1ccccc1	AlphaDrug	5FNS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11537	CN(Cc1cccc(C(=O)N2CCN(c3ccc(Cl)cc3Cl)CC2)c1)C(=O)c1ccccc1C(F)(F)F	AlphaDrug	5FNS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11538	CN(Cc1cccc(N2CCN(c3ccc(C(F)(F)F)cc3F)CC2)c1)C(=O)NS(=O)(=O)c1cccc2ccccc12	AlphaDrug	5FNS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11539	CN(Cc1cccc(C(=O)N2C=CN(c3ccc(Cl)cc3F)CC2)c1)C(=O)Nc1ccc(Cl)cc1F	AlphaDrug	5FNS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11540	CN(Cc1ccc(Cl)c(Cl)c1)C(=O)c1ccc(C(=O)NC2CCCCC2)cc1	AlphaDrug	5FNS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11541	COc1cccc(NC(=O)C(C)NC(=O)C(C)NC(=O)C(C)NC(=O)C(Cc2ccccc2)N=O)c1	AlphaDrug	5FNS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11542	Cc1cccc(S(=O)(=O)NC(=O)C2CCCC(NS(=O)(=O)c3ccc4ccc(Cl)cc4c3)CC2)c1	AlphaDrug	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11543	O=C(c1ccc(-c2cccc(N3CCN(CCc4cccc(Cl)c4)CC3)c2)cc1)N1CCCCC1	AlphaDrug	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11544	COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(NS(=O)(=O)c4cccc(C)c4)c3)c2)cc1	AlphaDrug	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11545	Cc1cccc(S(=O)(=O)NC2CCN(c3cccc(C4CCN(C(=O)OC(C)(C)C)CC4)c3)CC2)c1	AlphaDrug	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11546	Cc1cccc(S(=O)(=O)NC(=O)C2CC=CC(NS(=O)(=O)c3ccc4c(C)c(N)ccc4c3)CC2)c1	AlphaDrug	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11547	Cc1cccc(S(=O)(=O)NC(=O)C2CCCC(NS(=O)(=O)c3cccc(-c4ccncc4)c3)CC2)c1	AlphaDrug	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11548	Cc1cccc(S(=O)(=O)NC(=O)C2CCCC(NS(=O)(=O)c3cccc(CN4CCOCC4)c3)CC2)c1	AlphaDrug	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11549	Cc1cccc(S(=O)(=O)NC(=O)C2CCCC(C(=O)N3CCCC(NS(C)(=O)=O)CC3)C2)c1	AlphaDrug	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11550	Cc1cccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2cccc(-c3ccnc(C4CCN(C(C)(C)C)CC4)c3)c2)c1	AlphaDrug	3AF2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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