DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
11476 Cc1ccc(C(NC(=O)Nc2ccc(C(C)(C)C)cc2)C2CC2)cc1 AlphaDrug 5N9R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11477 CC(C)(C)c1ccc(Nc2nc(N)c(Cl)c(-c3ccc(C(=O)NC4CC4)cc3)n2)cc1 AlphaDrug 5N9R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11478 C/C1=C2\N=C(N)N=C(c3cccc(-c4ccc(NC(=O)Nc5ccc(C(C)(C)C)cc5)cc4)c3)N(CCOCC1)C2=O AlphaDrug 5N9R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11479 CSc1nc(NC(=O)Nc2ccc(C(C)(C)C)cc2)c2cc(C(F)(F)F)ccc2n1 AlphaDrug 5N9R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11480 CC(C)(C)c1ccc(NC(=O)Nc2cccc(-c3cnc(N)c(-c4ccccc4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 5N9R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11481 CC(C)(C)c1ccc(NC(=O)Nc2ccc(-c3cccc(C(C)(C)O)n3)cc2)cc1 AlphaDrug 5N9R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11482 O=C(Nc1ccc(-c2ccc3c(c2)n(CCCC2CC2)c(=O)n3Cc2ccc(C3CC3)cn2)cc1)c1ccccc1 AlphaDrug 6SBT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11483 CN(C)c1cccc(S(=O)(=O)N2CCN(C(=O)c3ccc(NC(=O)N4Cc5ccc(-c6ccccc6)cc5C4)cc3)CC2)c1 AlphaDrug 6SBT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11484 O=C(Nc1ccc(-c2ccc3c(c2)[nH]c(=O)n3Cc2ccc(C(=O)N3CCN(c4ccccc4)CC3)cc2)cc1)c1ccc(C(=O)N2CCOC2)cc1 AlphaDrug 6SBT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11485 O=C(Nc1ccc(-c2ccc3c(c2)[nH]c(=O)n3Cc2ccc(C3CCC3)cn2)cc1)c1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 6SBT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11486 O=C(Nc1ccc(-c2ccc3[nH]c(=O)ccc3c2)cc1)c1cccc(C2CCCCC2)c1 AlphaDrug 6SBT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11487 O=C(Nc1ccc(-c2ccc3c(c2)n(CC2CC2)c(=O)n3Cc2ccc(C(=O)N3CCOCC3)cc2)cc1)c1ccccc1 AlphaDrug 6SBT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11488 O=C(Nc1ccc(-c2ccc3c(c2)[nH]c(=O)n3Cc2ccc(C(=O)N3CCN(c4ccccc4)CC3)cc2)cc1)c1ccc(C(=O)N2CCC(O)C2)cc1 AlphaDrug 6SBT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11489 O=C(Nc1ccc(-c2ccc3c(cnn3Cc3ccc(C(=O)N4CCN(c5ccccc5)CC4)cc3)c2)cc1)c1ccc(-c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 6SBT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11490 O=C(Nc1ccc(NC2CC2)cc1)c1cc2cccnc2cc1OCC1CCCCC1 AlphaDrug 6SBT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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