Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
11416	CC(C)CC(NS(=O)(=O)c1ccc2c(c1)oc1ccccc12)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)O	AlphaDrug	5NIH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11417	Cc1cc(C)cc(NC(=O)c2cc(C)nn2Cc2ccc(F)cc2C)c1	AlphaDrug	4D1J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11418	Cc1cc(C)cc(NC(=O)Nc2ccc(-c3nnc(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)o3)cc2)c1	AlphaDrug	4D1J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11419	Cc1cc(C)cc(NC(=O)Nc2ccc(-c3nnc(-c4ccc(Cl)cc4)o3)cc2)c1	AlphaDrug	4D1J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11420	Cc1cc(C)c2nc(-c3ccc(OCC(=O)O)cc3)[nH]c(=O)c2c1	AlphaDrug	4D1J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11421	Cc1cc(C)cc(NC(=O)Nc2ccc(-c3nc(NC4CCCCC4O)cs3)cc2)c1	AlphaDrug	4D1J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11422	Cc1cc(C)cc(NC(=O)Nc2ccc(-c3nnc(-c4cnn(C)c4)o3)cc2)c1	AlphaDrug	4D1J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11423	Cc1cc(C(=O)NC(C)C)c(O)c2[nH]c(-c3ccc(OCc4ccc(C(F)(F)F)cc4)cc3)nc12	AlphaDrug	4D1J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11424	Cc1cc(C)cc(NC(=O)c2cc(-c3ccc(OCC(C)C)cc3)n[nH]c2=O)c1	AlphaDrug	4D1J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11425	Cc1cc(C)cc(NC(=O)c2nc(-c3ccc(OCC(F)(F)F)cc3)n[nH]2)c1	AlphaDrug	4D1J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11426	Cc1cc(C)cc(NC(=O)Nc2ccc(Oc3ccnc(C(F)(F)F)c3)cc2)c1	AlphaDrug	4D1J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11427	COC1C(N(C)C(=O)c2ccc(Cl)cc2)CC2OC1(C)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	6BS4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11428	CC(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NC(C(=O)O)C(C)C	AlphaDrug	6BS4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11429	COc1ccc(N2CCCC(NC(=O)Nc3cc(OC)c(OC)c(-c4cc(C)c(OC)c(O)c4)c3)C2)cc1	AlphaDrug	6BS4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11430	COC1C(N(C2CCCC2)C(C)(C)C)CC2OC1(C)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	6BS4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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