Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
11461	CN(C)c1cccc(-c2ccc(C(=O)NC3CCCCC(NC(=O)c4ccccc4O)C3)o2)c1	AlphaDrug	5G4N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11462	CC1OCCC1NC(=O)c1ccc(-c2ncc(-c3cccc(N(C)C)c3)o2)cc1	AlphaDrug	5G4N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11463	CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)cc2)cc1O	AlphaDrug	5AMG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11464	CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)c3cccc(OCc4ccc5ccccc5c4)c3)CC2)cc1	AlphaDrug	5AMG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11465	CC1=C(C)N(S(=O)(=O)c2ccc(C(C)C)cc2)CC/C(=C/C(=O)NCC(C)(C)C)C1	AlphaDrug	5AMG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11466	CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(CCc3ccccc3)CC2)cc1	AlphaDrug	5AMG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11467	CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(CCc3ccccc3)C(N)=O)CC2)cc1	AlphaDrug	5AMG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11468	CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)c3cccc(OCc4cccc5ccccc45)c3)CC2)cc1	AlphaDrug	5AMG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11469	CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)NCCOC(=O)N2CCC(NC(=O)c3cccc(OCC4CCC=CCC4)c3)CC2)cc1	AlphaDrug	5AMG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11470	CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3ccc(OCC(=O)O)cc3)cc2)cc1	AlphaDrug	5AMG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11471	CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(=CC3CC(=O)NC(=O)c4ccccc43)CC2)cc1	AlphaDrug	5AMG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11472	CC(C)CC(NC(=O)c1ccc(NC(=O)Nc2ccc(-c3cccc(F)c3)cc2)cc1)c1ccc(C#N)cc1	AlphaDrug	5N9R	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11473	C/C1=C2\N=C(N)N=C(c3cccc(-c4ccc(NC(=O)Nc5ccc(C(C)(C)C)cc5)cc4)c3)N(CCOCC1)C2=O	AlphaDrug	5N9R	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11474	Cc1ccc(C(=O)Nc2cccc(NC(=O)Nc3ccc(C(C)(C)C)cc3)c2)cc1	AlphaDrug	5N9R	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11475	Cn1c(N)nnc1-c1cccc(-c2ccc(NC(=O)Nc3ccc(C(C)(C)C)cc3)cc2)c1	AlphaDrug	5N9R	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

11461 to 11475 of 73725 items. Total 4915 pages.