Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
11521	Cc1c(-c2cccc(C(=O)O)c2)noc1-c1cccc(-n2ccnc2)c1C(F)F	AlphaDrug	5NZ4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11522	CC1CC(=O)Nc2cc(-c3nc(NC(=O)c4ccc(-c5ncnn5C)cc4F)ccc3F)ccc2C1(C)C	AlphaDrug	6G3A	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11523	CC1(C)OC(=O)C(NCc2ccc(-c3cccc(NC(=O)Nc4ccc(C(F)(F)F)cc4)c3)cc2)COC1=O	AlphaDrug	6G3A	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11524	CC1CC(=O)Nc2cc(C3CCN(C(=O)CCc4ccc(-c5cc(F)cc(F)c5)cc4)CC3)ccc2C1(C)C	AlphaDrug	6G3A	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11525	CC1CC(=O)Nc2cc(C(=O)Nc3ccc(C(C)(C)C)cc3C(F)(F)F)ccc2C1(C)C	AlphaDrug	6G3A	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11526	CC1CC(=O)Nc2cc(-c3nc(Nc4ccc(N5CCOCC5)cc4)ncc3F)ccc2C1(C)C	AlphaDrug	6G3A	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11527	CC1CC(=O)Nc2cc(-c3nc(Nc4cnnn4C)ncc3Cl)ccc2C1(C)C	AlphaDrug	6G3A	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11528	CC1CC(=O)Nc2cc(-c3nc(NC(=O)c4ccc(C(F)(F)F)cc4F)ccc3Cl)ccc2C1(C)C	AlphaDrug	6G3A	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11529	CC1CC(=O)NCCN1C(=O)C1C=C2SC(C(=O)NC(=O)Nc3ccc(C(F)(F)F)cc3)=C2CCC1	AlphaDrug	6G3A	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11530	CC1CCN(c2ccc(C(=O)NC(c3ccc(-c4cc(C(F)(F)F)ccn4)c(F)c3)C3CCCCC3)nc2)CCO1	AlphaDrug	6G3A	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11531	CC1CC(=O)Nc2cc(-c3n[nH]c4ccc(NC(=O)C5CCCCC5)cc34)ccc21	AlphaDrug	6G3A	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11532	CN(Cc1cccc(C(=O)N2CCN(c3ccc(Cl)cc3)CC2)c1)C(=O)Nc1ccc(N2CCN(c3ncccn3)CC2)cc1	AlphaDrug	5FNS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11533	CN(Cc1cccc(C(=O)N2CCN(c3ccc(Cl)cc3)CC2)c1)C(=O)Nc1ccc(N2CCOCC2)cc1	AlphaDrug	5FNS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11534	CN(Cc1ccc(C(=O)NC2CCCCC2)cc1)C(=O)NC1CCCCC1	AlphaDrug	5FNS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11535	CN(Cc1cccc(C(=O)NC(C)(C)C)c1)C(=O)c1ccc(N2C=CN(c3ccc(Cl)cc3)CC2)cc1	AlphaDrug	5FNS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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