DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
11491 O=C(Nc1ccc(-c2ccc3[nH]c(=O)n(C4CCCC4)c3c2)cc1)c1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 6SBT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11492 O=C(NC1C(O)CC(O)C1O)c1cc2c(-c3ccc(F)cc3)n[nH]c2cc1OCCO AlphaDrug 6EPY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11493 O=C(O)c1cnc(Nc2ccc(N3C=CN(C4CCCN(c5cccnc5)C4)CC3)cc2)nc1 AlphaDrug 6EPY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11494 O=C(NCc1ccc(F)cc1)c1ccc2c(-c3ccc(C(=O)NC4C(O)CC(O)C4O)cc3)n[nH]c2c1 AlphaDrug 6EPY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11495 O=C(c1cc2c(-c3cc(OCCO)c(OC4C(O)CC(O)C4O)cc3O)ccnc2[nH]1)N1CCN(c2ccc(F)cc2)CC1 AlphaDrug 6EPY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11496 C=C(c1ccc(NC(=O)c2ccccc2)cc1)c1cc(C(=O)NC2C(O)CC(O)C2O)ccc1O AlphaDrug 6EPY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11497 O=C(Nc1cc(O)ccc1C(=O)NC1C(O)CC(O)C1O)c1ccc(N2CCNCC2)cc1 AlphaDrug 6EPY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11498 CN(C)CCN(C)c1ccc(-c2cnc3c(-c4ccc(F)cc4F)c[nH]c3c2)cc1 AlphaDrug 6EPY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11499 O=C(NCc1ccc(F)cc1)c1ccc(-c2cncnc2)c(OC2CC(O)CC2O)c1 AlphaDrug 6EPY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11500 OC1CC(O)C(Oc2ccc3c(-c4ccc(OC5CC5)cc4)n[nH]c3c2)C1 AlphaDrug 6EPY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11501 OC1CC(O)C(Oc2cc(-c3cnc4c(-c5cccc(Cl)c5)c[nH]c4c3)ccn2)C1 AlphaDrug 6EPY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11502 CC(C)(C)NC(=O)c1c(N)nc(N)nc1-c1ccc(F)c(NS(C)(=O)=O)n1 AlphaDrug 5FL5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11503 CC(C)(C)NC(=O)c1c(N)nc(N)nc1-c1ccc(-c2ccc(C(=O)N3CCN(c4ccccc4)CC3)cc2F)cc1F AlphaDrug 5FL5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11504 Cc1cc(-c2cccc(C(=O)NCCCCC(=O)O)c2)ccc1-c1ccc(-c2nc(N)nc(N)c2C(=O)NC(C)(C)C)c(F)c1 AlphaDrug 5FL5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11505 Cc1c(C(=O)NC(C)(C)C)c2cc(-c3cc(N)nc(N)n3)ccc2n1-c1ccc(F)cc1 AlphaDrug 5FL5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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