Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
11506	CC(C)(C)NC(=O)c1c(N)nc(N)nc1-c1ccc(-c2ccc(C(=O)N3CCN(C(=O)NCC(F)(F)F)CC3)cc2F)cc1F	AlphaDrug	5FL5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11507	CC(C)(C)NC(=O)c1c(N)nc(N)nc1-c1ccc(-c2cccc(NC(=O)c3ccc(F)cc3)c2)cc1Cl	AlphaDrug	5FL5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11508	CN1CCN(C(=O)CN(Cc2ccc(C(C)(C)C)cc2)c2ccc(-c3ccc(C(=O)N4CCCCCC4)cc3)cc2)CC1	AlphaDrug	5FL5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11509	CC(C)(C)NC(=O)c1c(N)nc(N)nc1-c1ccc(-c2ccc(-c3ccncc3)cc2F)cc1F	AlphaDrug	5FL5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11510	CC(C)(C)NC(=O)c1c(N)nc(N)nc1-c1ccc(-c2ccccc2)cc1F	AlphaDrug	5FL5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11511	CC(C)(C)NC(=O)c1c(N)nc(N)nc1-c1ccc(-c2ccc(N3CCNCC3)c(Cl)c2)cc1F	AlphaDrug	5FL5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11512	Cc1c(-c2nnnn2C2CCCCC2)noc1-c1cccc(Cl)c1	AlphaDrug	5NZ4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11513	Cc1ccc(-c2nc(-c3ccccc3)oc2C)cc1NC(=O)C(Cc1ccccc1)S(=O)(=O)c1ccccc1-c1ccccc1	AlphaDrug	5NZ4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11514	Cc1c(-c2ccc(F)cc2)noc1-c1ccc(Cl)c(NS(=O)(=O)c2ccccc2C(F)(F)F)c1	AlphaDrug	5NZ4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11515	Cc1c(-c2ccc(C(=O)O)cc2)noc1-c1ccc(Cl)c(NS(=O)(=O)c2ccc(-c3ccccc3)cc2)n1	AlphaDrug	5NZ4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11516	Cc1c(-c2cccc(Cl)c2)noc1-c1ccc(Cl)c(NS(=O)(=O)c2cccc(C(F)(F)F)c2)c1C	AlphaDrug	5NZ4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11517	Cc1cc(S(=O)(=O)Nc2c(Cl)ccc(-c3onc(-c4ccc(Cl)cc4)c3C)c2C)ns1	AlphaDrug	5NZ4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11518	Cc1c(-c2ccccc2)noc1-c1ccc(Cl)c(NS(=O)(=O)c2ccc(-c3ccccc3)cc2)c1F	AlphaDrug	5NZ4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11519	Cc1c(C(=O)Nc2cccc(Cl)c2)noc1-c1ccc(Cl)c(C(=O)O)c1	AlphaDrug	5NZ4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11520	Cc1c(-c2ccc(Cl)c(NS(=O)(=O)c3ccccc3C(F)(F)F)c2)noc1-c1ccc(Cl)c(C(F)(F)F)c1	AlphaDrug	5NZ4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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