DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
11356 CC(C)(C)c1ccc(C(=O)NC(C(=O)O)c2cnc(C(=O)O)c(-c3cc(F)cc(F)c3F)c2)cc1 AlphaDrug 5OVR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11357 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(N3CCN(c4cccc(NC(=O)c5ccc6ccccc6c5)c4)CC3)CC2=O)cc1 AlphaDrug 6U8O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11358 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(=NCc3ccc(-c4ccccc4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 6U8O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11359 Cc1ccc(-c2ccc(S(=O)(=O)N3CCCC3COc3cccc4ccccc34)cc2)cc1 AlphaDrug 6U8O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11360 Cc1ccc(C)c(C2CCC(C(=O)O)N(C(=O)CC3CCCCC3)C2)c1 AlphaDrug 6U8O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11361 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CC/C(=N\Cc3ccc(-c4ccccc4)cc3)CC2=O)cc1 AlphaDrug 6U8O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11362 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(=NCC3(O)CN(c4ccc(Cl)cc4)C3)CC2)cc1 AlphaDrug 6U8O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11363 Cc1ccc(Oc2ccc(C)c(C3CCCN(C(=O)c4cccc(-c5ccccc5)c4)C3)c2)cc1 AlphaDrug 6U8O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11364 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC2COc2ccc(Cl)cc2C(=O)O)cc1 AlphaDrug 6U8O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11365 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(=NC3CCc4ccc(OC(F)F)cc43)CC2)cc1 AlphaDrug 6U8O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11366 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC2COc2cccc3c2n(C)c(=O)n3C(=O)O)cc1 AlphaDrug 6U8O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11367 CC1CCC(Oc2ccc3c(C(=O)NCc4ccccc4)cc(Cl)cc3c2)CN1 AlphaDrug 6PVE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11368 CC1CCC(Nc2cccc(C(=O)NCc3ccc4ccccc4c3)c2)CC1 AlphaDrug 6PVE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11369 CC1CCC(Nc2cccc(CN(C)C)c2)CC1 AlphaDrug 6PVE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11370 CC1CCC(NC(=O)c2ccc(C(C)(C)C#CCc3cccnc3)cc2)COC1(C)C AlphaDrug 6PVE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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