DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
11311 CC(C)C(NS(=O)(=O)c1ccc2ccccc2c1)C(=O)NC(CC(N)=O)C(=O)N(C(=O)c1cnccn1)C(F)(F)F AlphaDrug 4XU1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11312 C/C=C/C(CC(=O)O)CC(=O)C(NS(=O)(=O)c1ccc2ccccc2c1)C(C)C AlphaDrug 4XU1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11313 CC(C)C(NS(=O)(=O)c1ccc2ccccc2c1)C(=O)NC(CC(N)=O)C(=O)NCc1ccc(-c2ccc(O)cc2)cc1 AlphaDrug 4XU1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11314 CC(C)C(NS(=O)(=O)c1ccc2ccccc2c1)C(=O)NC(CC(N)=O)C(=O)NCc1ccccn1 AlphaDrug 4XU1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11315 Cc1ccc(N2C/C(=C(/C#N)NC3CCc4ccccc4C3)CC(C)(C)C2)cc1 AlphaDrug 4XU1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11316 CC(C)C(NS(=O)(=O)c1ccc2ccccc2c1)C(=O)CCCC(=O)N(C)C AlphaDrug 4XU1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11317 CCC(CC(=O)N1CCN(c2cc(-c3ccc(F)cc3F)ccn2)CC1)C(=O)NC1CCCC1 AlphaDrug 6R13 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11318 CCCCOc1cc(F)c(-c2nc(Nc3cccc(N4CCOCC4)c3)nc3c(C)cnn23)c(Cl)c1 AlphaDrug 6R13 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11319 CCC(CC(=O)N1CCN(c2cc(-c3ccc(F)cc3F)ccc2Cl)CC1)C(=O)NC1CCCC1 AlphaDrug 6R13 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11320 Cc1cc2c(CCCN3CCCC3)nc(Nc3cccc(C(=O)NC4CCCN(c5nc6ccccc6s5)C4)c3)n2cc1O AlphaDrug 6R13 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11321 CCC(CCC(=O)O)CC1CCC(C)(C)NC(=O)c2ccc(N3CCC(C)(CC)C3)cc21 AlphaDrug 6R13 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11322 CCC(CC(=O)NC1CCN(c2cc(-c3ccc(F)cc3F)ccc2F)CC1)C(=O)O AlphaDrug 6R13 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11323 CCC(CC(=O)N1CCN(c2cc(C(=O)NC3CCC(N4CCCC4)CC3)ccc2F)C(C)C1)C(=O)NCc1ccccc1 AlphaDrug 6R13 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11324 CCC(CC(=O)N1CCN(c2cc(C(=O)NC3CCC(NC(=O)Nc4ccccc4)CC3)ccc2Cl)CC1)C(=O)O AlphaDrug 6R13 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11325 CCC(=O)NC1CCCC(NC(=O)c2cc(-c3ccc(F)cc3)ncc2N)C1 AlphaDrug 6R13 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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