DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
11296 Cc1cc(C(C)NC(=O)c2ccc(-c3ccc(-c4sc(C(=O)N5CCCC5)nc4C)c(C)c3)s2)ccc1Cl AlphaDrug 5NZN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11297 CC(=O)NC1CCC(CCNC(=O)c2ccc(-c3ccccc3)cc2)CCN1 AlphaDrug 5AOJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11298 Cc1[nH]c2cc(C(=O)NCC(=O)NC3CCCc4ccccc4C3)ccc2c1C(=O)NCC(C)(C)C AlphaDrug 5AOJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11299 CCC(C)(C)c1ccc(-c2ccc3cccc(C(=O)NC4CCN(c5cccc(C(F)(F)F)c5)CC4)c3c2)cc1 AlphaDrug 5AOJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11300 O=C(NC1(C(=O)O)CCCC1)c1ccc(-c2cccc(OCC(=O)N3CCC(c4ccccc4)CC3)c2)cc1 AlphaDrug 5AOJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11301 CC(=O)NCC1CCN(c2ccc(-c3ccc(C)c4nc(C(=O)NCC(C)(C)C)ccc34)cc2)CC1 AlphaDrug 5AOJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11302 CC(NC(=O)c1ccc(-c2cccc(-c3cnccn3)c2)cc1)C(=O)NC1CCC(CC(C)(C)C(=O)O)CC1 AlphaDrug 5AOJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11303 Cc1cc(-c2ccc(-c3ccc(C(=O)NCC4CCCCCC4)cc3)cc2)nc(C)c1C(C)(C)C AlphaDrug 5AOJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11304 CC(C)(O)c1cccc(-c2ccc3cccc(C(=O)NC4CCN(c5cccc(C(F)(F)F)c5)CC4)c3c2)c1 AlphaDrug 5AOJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11305 CC(C)(C)OC(=O)NC(=O)c1ccc(-c2cccc(-c3ccc(CC(=O)NCc4ccccc4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 5AOJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11306 CC(C)(O)c1cccc(-c2ccc(-c3ccc(CN4CCN(C(=O)C5CC5)CC4)cc3)cc2)c1 AlphaDrug 5AOJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11307 CC(C)C(NS(=O)(=O)c1ccc2ccccc2c1)C(=O)CC(O)/C=C/C/C=C/C(=O)O AlphaDrug 4XU1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11308 CC(C)C(NS(=O)(=O)c1ccc2ccccc2c1)c1ccc(OCCCC(O)c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 4XU1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11309 CC(C)C(NS(=O)(=O)c1ccc2ccccc2c1)C(=O)N1CCc2ccccc2C1 AlphaDrug 4XU1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11310 CC(C)C(NS(=O)(=O)c1ccc2ccccc2c1)C(=O)NC(CC(N)=O)C(=O)NCCN AlphaDrug 4XU1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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