DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
11266 COc1ccc(C(O)C2CCCN(C(=O)c3cccc4ccccc34)C2)cc1 AlphaDrug 5NZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11267 COc1ccc(C(O)C2CCCCN(c3ccc(C(=O)NC4CCCCNCC4C(=O)NCC(C)(C)C)cn3)C2)cc1 AlphaDrug 5NZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11268 CC(C)(O)c1ccc2c(NC(=O)c3cccc(NC(=O)c4cccc(C(C)(C)C(F)(F)F)c4)c3)ncnc2c1 AlphaDrug 6NE5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11269 CC(C)(O)c1ccc2c(NC(=O)c3cccc(NC(=O)c4cccc(C(F)(F)F)c4)c3)ncnc2c1 AlphaDrug 6NE5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11270 CC(NC(=O)c1ccc2cc(C(C)(C)O)ccc2c1NC(=O)c1cccc(-c2ccncc2)c1)c1ccc(O)cc1 AlphaDrug 6NE5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11271 CC(C)(O)C1CCCCN(c2ccc(-c3nc4c(N)nccc4n3Cc3cccc(Cl)c3)cn2)C1 AlphaDrug 6NE5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11272 CC(C)(N)CC(=O)Nc1cccc(C(=O)Nc2nc(C(=O)NC3CCC(C(F)(F)F)CC3)nc3cc(C(C)(C)O)ccc23)c1 AlphaDrug 6NE5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11273 COc1cc(C(C)(C)C)ccc1NC(=O)c1ccc2nc(-c3ccc(F)cc3)cn2c1 AlphaDrug 6NE5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11274 Cc1cc(NC(C)C)cc(-c2ccc(C(=O)Nc3ncnc4cc(C(C)(C)O)ccc34)s2)c1 AlphaDrug 6NE5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11275 Cn1c(NCC(C)(C)C)nc2ccc(-c3cnc(NC4CCC(N)CC4)c4cc(C(C)(C)O)ccc34)cc21 AlphaDrug 6NE5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11276 CC(C)(O)c1ccc2c(NC(=O)c3cccc(C#CC4CCCCC4)c3)nc(C(N)=O)nc2n1 AlphaDrug 6NE5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11277 CC(C)c1cccc(-n2cc(-c3ccc(C(=O)NCC4CCCCCC4)s3)cn2)c1 AlphaDrug 5NYA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11278 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(Cc3ccc(C(F)(F)F)cc3)c3cccc4ccccc34)CC2)cc1 AlphaDrug 5NYA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11279 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCN(C(=O)c3cccc(OCC(=O)O)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 5NYA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11280 CC(=O)CC1CCCCC(NC(=O)CNC(=O)C(NC(=O)c2cc3ccccc3o2)C(C)C)C1 AlphaDrug 5NYA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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