DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
11206 COc1cccc(S(=O)(=O)N(Cc2c[nH]c3ccccc23)C2C=Cc3ccccc32)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11207 COc1cccc(S(=O)(=O)N(Cc2ccccc2)C2CCCN(C(=O)C3CCOCC3)C2)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11208 CS(=O)(=O)N1CCC(C2Cc3cccc(NC(=O)c4ccccc4)c3C2)CC1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11209 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(OCC3CCCC3)cc(S(=O)(=O)N3CCCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11210 COc1ccc(S(=O)(=O)N(Cc2ccccc2)C2Cc3cccc(NS(C)(=O)=O)c3N2)cc1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11211 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(OCC3CCCCC3)cc(C3CCOCC3)c2)cc1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11212 CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(-c3ccc(OCCCCO)cc3)nc3ccccc23)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11213 CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(-c3ccc(OCC(F)(F)F)cc3)nc3ccccc23)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11214 CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(-c3cccc(F)c3)nc3ccccc23)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11215 CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(-c3ccc(OCCCO)cc3)nc3ccccc23)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11216 CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(-c3ccc(OCCC(F)(F)F)cc3)nc3ccccc23)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11217 CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(OCc3ccccc3)nc3cnccc23)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11218 CS(=O)(=O)Nc1cccc(-c2nc(Nc3cccc(S(C)(=O)=O)c3)c3cccnc3n2)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11219 CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(-c3ccc(OCC(F)(F)F)cc3)nc3cccnc23)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11220 CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(-c3ccc(Cl)cc3)nc3ncccc23)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

11206 to 11220 of 73725 items. Total 4915 pages.