DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
11161 COc1ccc(S(=O)(=O)N(Cc2cccc3ccccc23)C2Cc3ccccc32)cc1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11162 CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(-c3ccccn3)nc3ccccc23)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11163 CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(-c3ccc(OC(F)F)cc3)nc3ccccc23)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11164 CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(OCc3ccc(Cl)cc3)ncc2C2CC2)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11165 CS(=O)(=O)Nc1cccc(-c2nc(Nc3cccc(S(C)(=O)=O)c3)c3ccccc3n2)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11166 CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(-c3ccc(OCCCCO)cc3)nc3ncccc23)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11167 COc1ccc2c(CCc3ccccc3)cc3c(c2c1)CCC3 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11168 CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(N3CCC(F)(F)CC3)nc3ccccc23)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11169 CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(OCc3ccccc3)nc3ccccc23)n1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11170 CC(C)Nc1nc(Nc2cccc(S(C)(=O)=O)c2)nc(OCc2ccccc2)n1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11171 CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(-c3ccnc(N)c3)nc3ccccc23)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11172 CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(-c3ccccc3)nc3ccccc23)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11173 CS(=O)(=O)N1CCC(c2ccc3cccc(C4CCCC4)c3c2)CC1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11174 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(OCC3CCCCC3)cc(C3CCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11175 CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(OCc3ccccc3)ncc2C2CC2)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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