DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
11131 CC(C)C(=O)Nc1nc2ccc(-c3cc(F)ccc3C(=O)O)cc2c(=O)[nH]1 AlphaDrug 4CWT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11132 CC(C)C(=O)Nc1nc2ccc(Cl)c(Oc3ccc(Cl)cc3)c2n1CCCCC(=O)O AlphaDrug 4CWT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11133 CC(C)C(=O)Nc1nc2ccc(-c3cc4ccccc4cc3Oc3ccc(Cl)cc3)cc2c(=O)[nH]1 AlphaDrug 4CWT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11134 Cc1cc(Cl)ccc1Cn1c(NC(=O)C(C)C)nc2cccc(C(=O)O)c21 AlphaDrug 4CWT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11135 CC(C)C(=O)Nc1nc2ccc(-c3cc4ccccc4c(=O)n3C)cc2c(=O)[nH]1 AlphaDrug 4CWT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11136 CC(C)CN1C(=O)CN(c2ccc(C(=O)Nc3ccc(C(=O)O)cc3)cc2)C1=O AlphaDrug 4CWT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11137 CC(C)C(=O)Nc1nc2ccc(-c3cccc(CCCOc4ccc(C(=O)O)cc4)c3)cc2c(=O)[nH]1 AlphaDrug 4CWT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11138 CC(C)C(=O)OC1CCN(C(=O)c2ccc(C(=O)Nc3ccc(Cl)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 4CWT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11139 CS(=O)(=O)N(Cc1ccc(-c2cccc(O)c2)cc1)c1cccc(O)c1 AlphaDrug 6F05 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11140 CC(CC(NC(=O)C1CCCCC1)C(=O)NC1CCCCCC1NS(=O)(=O)c1ccccc1)N(CCO)S(C)(=O)=O AlphaDrug 6F05 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11141 CS(=O)(=O)c1ccc(-c2cccc(C(=O)NC3CCCCN3)c2)cc1 AlphaDrug 6F05 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11142 CC(C)CN(C(=O)c1cccc(NS(=O)(=O)c2ccc(-c3cccc(NC(=O)c4ccccc4)c3)cc2)c1)S(C)(=O)=O AlphaDrug 6F05 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11143 CS(=O)(=O)N(CCO)S(=O)(=O)c1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc(-c3cccc(NC(=O)c4ccccc4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 6F05 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11144 CS(=O)(=O)N(CCn1cc(Cl)c(-c2cccc(O)c2)c1)C(=O)CCCCC(=O)NS(=O)(=O)c1ccccc1 AlphaDrug 6F05 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11145 CC(C)CCN(C(=O)C(CC(=O)c1ccc(O)c(Cl)c1)C(=O)CCCC(=O)c1ccc(C2CCCCCC2)cc1)S(C)(=O)=O AlphaDrug 6F05 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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