DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
11101 Cc1c(-c2ccc(Cl)c(Cc3cccc(F)c3)c2)noc1-c1cccc(-c2ccccc2C(=O)O)c1 AlphaDrug 6NCN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11102 CCNC(=O)Nc1ccc(Nc2cc(-c3cccc(C)n3)ccn2)cc1 AlphaDrug 5AQZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11103 CCNC(=O)c1ccc(-c2nn(C)c3ccc(NC(=O)C4CC4)cc23)cc1 AlphaDrug 5AQZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11104 Cc1cccc(-c2nc(Nc3ccc(C(C)C)cc3)ncc2F)n1 AlphaDrug 5AQZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11105 Cc1ncc(C(C)C)c(-c2ccc(CC3CCN(S(=O)(=O)c4cccc(Cl)c4)CC3)cc2)n1 AlphaDrug 5AQZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11106 CCNC(=O)N1CCC2(CCC(N3CCCC3)CC2)CC1 AlphaDrug 5AQZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11107 CCNC(=O)OCc1ccc(Nc2ncc(F)c(-c3cccc(OC)c3)n2)cc1 AlphaDrug 5AQZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11108 CCNC(=O)Nc1ccc(C)c(-c2nnc3c(-c4ccc(F)cc4)nn(C4CC4)c3c2C)c1 AlphaDrug 5AQZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11109 CCNC(=O)Nc1ccc(C)c(-c2nnc3c(C(=O)NC4CCCCNC4=O)cccc3c2C(C)C)c1 AlphaDrug 5AQZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11110 CCNC(=O)c1ccc(C)c(-c2cn(CCc3ccc(Cl)c(S(C)(=O)=O)c3)cn2)c1 AlphaDrug 5AQZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11111 CCNC(=O)Nc1ccc(-c2nn(C)c3ccc(C(N)=O)cc23)cc1 AlphaDrug 5AQZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11112 CC1(O)CC(NC(=O)c2ccc(-c3ccc4ncc(-c5ccc6ncc(-c7ccccc7)cc6c5)n4c3)cc2)C1 AlphaDrug 5HCY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11113 O=C(NCCO)N1CCC(Nc2cc(-c3cc(F)ccc3F)ccn2)CC1 AlphaDrug 5HCY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11114 O=C(CCO)N1CCN(c2ccc(Nc3cc(-c4ccc(Cl)c(OC5CCN(C(=O)NCCO)CC5)c4)c(F)cn3)cc2)CC1 AlphaDrug 5HCY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11115 O=C(NCCO)N1CCC(Nc2cc(-c3cc(C(F)(F)F)ccc3C(F)(F)F)ccn2)CC1 AlphaDrug 5HCY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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