Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
11146	CC(C)C(=O)NC(C(=O)NC(c1cccc(O)c1)C1CCCCC1)C(C)C	AlphaDrug	6F05	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11147	CS(=O)(=O)N(CC1CCCCC1)c1ccc(C(=O)NC(c2cccc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)C2CCCCC2)cc1	AlphaDrug	6F05	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11148	CS(=O)(=O)N1CCN(c2ccc(-c3cccc(OC(F)(F)F)c3)cc2)CC1	AlphaDrug	6F05	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11149	COc1ccc(C(=O)N2CCC(CNC(=O)c3ccc(-c4ccc(OC)cc4)s3)CC2)cc1	AlphaDrug	4N8Q	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11150	COc1ccc(-c2ccc(C(Cc3ccc4ccccc4c3)NC(=O)c3ccc4ccccc4c3)s2)cc1	AlphaDrug	4N8Q	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11151	COc1ccc(-c2ccc(C(Cc3ccc4ccccc4c3)NC(=O)c3cnn(CCN4CCOCC4)c3C)s2)cc1	AlphaDrug	4N8Q	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11152	COc1ccc(-c2ccc(C(Cc3ccccc3)NC(=O)c3cnn(C)c3C)s2)cc1	AlphaDrug	4N8Q	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11153	COc1ccc(-c2ccc(C(Cc3ccc4ccccc4c3)NC(=O)c3ccc4ccc(Cl)cc4n3)s2)cc1	AlphaDrug	4N8Q	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11154	COC(=O)N(C)C(Cc1cccc(OCc2ccccc2)c1)c1ccc(-c2ccc(OC)cc2)s1	AlphaDrug	4N8Q	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11155	CSc1ccc(-c2ccc(C(Cc3ccc4ccccc4c3)NC(=O)c3ccc4ccccc4c3)s2)cc1	AlphaDrug	4N8Q	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11156	COc1ccc(-c2ccc(C(Cc3ccc4ccccc4c3)NC(=O)c3ccc(C(C)(C)C)cc3F)s2)cc1	AlphaDrug	4N8Q	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11157	COc1ccc(-c2ccc(C(Cc3ccc4ccccc4c3)NC(=O)c3cn[nH]c3)s2)cc1	AlphaDrug	4N8Q	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11158	COc1cc(CC(=O)NC2CCN(c3ccc(F)cc3)CC2)cc(C(=O)NO)c1	AlphaDrug	4N8Q	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11159	CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(OCc3ccccc3)ccc2C2CC2)c1	AlphaDrug	5D7N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11160	COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(OCC3CCCC3)cc(-c3ccc(F)c(Cl)c3)c2)cc1	AlphaDrug	5D7N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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