DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
11116 O=C(NCCO)N1CCC(Nc2ncnc(Nc3ccc(N4CCN(C(=O)Nc5cccc(C(F)(F)F)c5)CC4)cc3)n2)CC1 AlphaDrug 5HCY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11117 O=C(NC1CCCCC1O)c1cc(Nc2nccc(-c3ccc4ncccc4c3)n2)ccn1 AlphaDrug 5HCY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11118 O=C(NCCO)N1CCC(Nc2nc(-c3ccccc3)cn3nc(-c4ccccc4)cc23)CC1 AlphaDrug 5HCY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11119 CC(C)(C)OC(=O)N1CCC(c2ccc(C(=O)NS(=O)(=O)c3cc(C(F)(F)F)[nH]c3-c3ccccc3)cc2)CC1 AlphaDrug 6MQE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11120 CC(C)(C)OC(=O)N1CCC(c2ccc(C(=O)NS(=O)(=O)c3cc(-c4cccc5ccncc45)ccc3Cl)cc2)CC1 AlphaDrug 6MQE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11121 Cc1ccc(-c2noc(C)n2)c(OCC(=O)NS(=O)(=O)Cc2ccccc2)n1 AlphaDrug 6MQE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11122 CC(C)(C)C#CC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccc(CN3CCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 6MQE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11123 CC(C)(C)OC(=O)N1CCC(c2ccc(C(=O)NS(=O)(=O)c3cc(-c4ccccc4)c(C4CC4)[nH]3)cc2)CC1 AlphaDrug 6MQE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11124 CC(C)(C)OC(=O)N1CCC(c2ccc(C(=O)NC(CCCCN=C(N)N)C(=O)O)cc2)CC1 AlphaDrug 6MQE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11125 CC(C)(C)CC(NC(=O)c1cc(-c2ccc(-c3nc4ccccc4[nH]3)cc2)ccc1Cl)C(=O)NCc1ccccc1 AlphaDrug 6MQE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11126 CC(C)C1CCN(c2ccc(CNC(=O)c3ccc(-c4nc5ccccc5[nH]4)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 6MQE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11127 CC(C)(C)OC(=O)N1CCC(c2ccc(C(=O)NS(=O)(=O)CCCCC(=O)NCC(=O)Nc3ccccc3)cc2)CC1 AlphaDrug 6MQE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11128 CC(C)(C)OC(=O)Nc1ccc2cc(-c3cccc4ccccc34)ccc2n1 AlphaDrug 6MQE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11129 CC(CNC(=O)c1cc2c(-c3ccc(Cl)cc3)cccc2n1C)C(=O)O AlphaDrug 4CWT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11130 NC(=O)c1cc(-c2ccc3ccccc3c2)ccc1NCc1cccc(Cl)c1 AlphaDrug 4CWT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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