DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
11176 CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(-c3cnn(CC4CCCCC4)c3)nc3ccccc23)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11177 CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(-c3ccc(F)cc3)nc3cccnc23)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11178 CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(-c3ccncc3)nc3ccccc23)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11179 CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(N3CCCC3)nc3cc(F)ccc23)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11180 CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(-c3cccnc3)nc3ccccc23)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11181 CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(-c3ccc(F)cc3)nc3ncccc23)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11182 CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(-c3ccc(OCCCCN4CCCC4)cc3)nc3ccccc23)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11183 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(OCC3CCCC3)cc(S(=O)(=O)N3CCOCC3)c2)cc1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11184 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(OCC3CCCC3)cc(C3CC=CCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11185 CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(-c3cnn(CCCC(=O)O)c3)nc3ccccc23)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11186 CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(OCc3ccccc3)nc3nccnc23)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11187 CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(-c3ccc(OCC(F)(F)F)cc3)nc3ncccc23)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11188 CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(OCc3cccc(F)c3)ncc2C2CC2)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11189 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(OCCC3CCCC3)cc(C3CCCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11190 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(OCC3CCCC3)cc(C3=CCCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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