DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
11236 COc1cccc(S(=O)(=O)N(Cc2cccc(O)c2)C2CCCN(C(=O)C3(c4cccc(F)c4)CC3)C2)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11237 CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(OCc3ccccc3)ncc2C2CCC2)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11238 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(OCC3CCCC3)cc(C3(C(N)=O)CCCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11239 CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(C3CCCC3)nc3ncc(N4CCCC4)cc23)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11240 COc1cccc(S(=O)(=O)N(Cc2ccccc2)C2CCCN(C(=O)C3(c4ccc(F)cc4)CC3)C2)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11241 CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(OCc3cccc(Cl)c3)ncc2C2CC2)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11242 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(OCC3CCCC3)cc(-c3ccc(F)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11243 CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(OCc3ccccc3F)ncc2C2CC2)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11244 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(OC3CCCCC3)cc(C(=O)NC3CCCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11245 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(OCC3CCCC3)cc(C3(C4CC4)CCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11246 CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(OCc3cccc(O)c3)ncc2C2CC2)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11247 CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(OCc3ccccc3)nc3ncccc23)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11248 COc1cc(O)cc(O)c1C(O)C(C)(C)c1ccc(O)c(O)c1 AlphaDrug 6J9W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11249 COc1cccc(Oc2ccc(C(=O)O)cc2C)c1 AlphaDrug 6J9W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11250 COc1cc(O)c(O)cc1C(=O)Nc1ccc(C)c(O)c1 AlphaDrug 6J9W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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