DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
11251 COC(=O)c1ccc(O)c(SCc2ccc(O)cc2)c1 AlphaDrug 6J9W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11252 COC(=O)Nc1ccc(Sc2nc(NCC(O)c3cccc(Cl)c3)ccc2C)cc1 AlphaDrug 6J9W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11253 COc1cccc(Oc2cc(P(=O)(O)O)cc(S(C)(=O)=O)c2)c1 AlphaDrug 6J9W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11254 COc1cc(-c2cc(Cl)cc3ncn(Cc4ccccc4)c23)ccc1C(=O)O AlphaDrug 6J9W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11255 COc1cccc(Oc2ccc(S(N)(=O)=O)cc2)c1 AlphaDrug 6J9W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11256 COc1cc(O)c(C(=O)Nc2ccc(Cl)c(C)c2)c(OC)c1 AlphaDrug 6J9W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11257 COc1ccc(C(=O)NCC(O)COc2ccc(O)c(CO)c2)cc1OC AlphaDrug 6J9W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11258 COc1ccc(C2CCCCN(C(=O)COc3ccc(-c4ccccc4C)cc3)C2)cc1 AlphaDrug 5NZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11259 CC(C)C(O)CN1CCN(c2ccc(C(=O)N3CCC(n4c(-c5ccccn5)nc5ccccc54)CC3)nn2)CC1 AlphaDrug 5NZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11260 COc1ccc(C(=N)c2ccc(Cl)c(S(=O)(=O)c3ccc(CN(C)CCO)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 5NZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11261 COc1ccc(C(O)C2CCCCN(c3ccc(C(=O)NC4CCCCC4Cc4c[nH]c5ccccc45)cn3)C2)cc1 AlphaDrug 5NZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11262 COc1ccc(C(O)C2CCCCN(c3ccc(C(=O)NC4CCCCC4C(=O)NC(CO)CO)cn3)C2)cc1 AlphaDrug 5NZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11263 COc1ccc(C(O)C2CCCCCN2C(=O)c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1 AlphaDrug 5NZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11264 COc1ccc(C(O)C2CCCCN(c3ccc(C(=O)NC4CCCCC4C(=O)NC(Cc4ccccc4)C(N)=O)cn3)C2)cc1 AlphaDrug 5NZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11265 COc1ccc(C(O)C2CCCCN(c3ccc(C(=O)NC4CCCCC4C(=O)NC(Cc4ccccc4)C(N)=O)cn3)C2)cc1 AlphaDrug 5NZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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