DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
11191 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(OCC3CCCC3)cc(S(=O)(=O)C3CCCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11192 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(OCC3CCCCC3)cc(S(=O)(=O)N3CCOCC3)c2)cc1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11193 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(OCC3CCCC3)cc(C3CCN(C(=O)C4CC4)C3)c2)cc1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11194 CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(OCc3ccccc3)nc3cccnc23)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11195 CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(N3CCC4CCCC43)nc3ccccc23)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11196 CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(OCc3ccccc3)ncc2C2CCCCC2)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11197 CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(OCc3ccccc3)ccc2C2CCCC2)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11198 CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(-c3ccc(Cl)cn3)nc3ccccc23)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11199 CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(-c3ccc(C4CC4)cc3)nc3ccccc23)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11200 CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(-c3ccc(Cl)cc3)nc3ccccc23)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11201 CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(OCc3ccccc3)nc3ccccc23)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11202 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(OCC3CCCC3)cc(C3CCCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11203 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(OC3CCCC3)cc(C3CCCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11204 CS(=O)(=O)c1cccc(Nc2nc(-c3ccc(OC(F)(F)F)cc3)nc3ccccc23)c1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11205 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(OC3CCCC3)cc(S(=O)(=O)C3CCCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 5D7N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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