DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
11041 CC(C)C(C)(O)C(=O)C(NC(=O)C(CC1CCCCC1)NC(=O)C(CC1CCCCC1)NC(=O)C(CC(C)(C)C)NC(=O)C1CCCCC1)C(=O)OC(C)(C)C AlphaDrug 5KO1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11042 CC(C)C(CC(C)(C)C)NC(=O)C(Cc1ccc2ccccc2c1)NC(=O)c1ccccc1 AlphaDrug 5KO1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11043 Cc1cc(C(=O)CCC2CCN(c3ccc(C(=O)OC(C)(C)C)cc3)C2)cc(Cl)c1C AlphaDrug 4YBK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11044 Cc1ccc(-c2cc(-c3ccc(Cc4cccc(C(F)(F)F)c4)cc3)no2)cc1 AlphaDrug 4YBK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11045 Cc1ccc(C(=O)c2cc(C)c3cc(OCC4CCCCC4)c(C)cc3n2)cc1 AlphaDrug 4YBK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11046 Cc1cccc(Cn2cc(-c3ccccc3)nn2)c1 AlphaDrug 4YBK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11047 Cc1ccc(C(=O)c2cc(C)cc(Cc3ccccc3)c2)cc1 AlphaDrug 4YBK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11048 Cc1ccc(-c2cc(-c3c(C(=O)O)ccc4c(Cl)cnnc34)no2)cc1 AlphaDrug 4YBK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11049 Cc1cc(-c2cccc3ccccc23)ccc1N1CCN(C(=O)c2ccc(Cc3ccccc3)cc2)CC1 AlphaDrug 4YBK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11050 Cc1ccc(-c2cc(Cc3cccc(C)c3)ccc2C(=O)NCC(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 4YBK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11051 Cc1ccc(Cc2nc(-c3ccccc3)no2)cc1C AlphaDrug 4YBK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11052 Cc1ccc(-c2cc(-c3cccc(CNC4CCCCCC4)c3)no2)cc1 AlphaDrug 4YBK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11053 Oc1ccc(-c2cc3ccc(SCc4ccccc4)cc3o2)cc1O AlphaDrug 5OT8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11054 OCC1CN(C2CCCCC2c2ccc(O)c(O)c2)CCC1O AlphaDrug 5OT8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11055 OCC1OC(O)C(OC2OC(O)C(O)C(O)C2O)C(n2cc(-c3cccc(Cl)c3)nn2)C1O AlphaDrug 5OT8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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