DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
10981 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1-c1ccc2nc(N)[nH]c2c1 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10982 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)cc(C(C)C)c1-c1ccc(OC2CCCCC2)c(Cl)c1 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10983 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1-c1ccc2ncccc2c1C1CCCCC1 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10984 Cc1cc(Oc2ccc(C3CCCCC3)cc2)nc2cccc(C#N)c12 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10985 Cc1cc(OCc2cccc(C(=O)N3CCC(N(C)C)CC3)c2)cc(C2(C(=O)NCC(F)(F)F)CCCC2)c1 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10986 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1-c1ccc(OCCCO)c(Cl)c1 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10987 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1-c1ccc2ncccc2c1CCN1CCCCC1 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10988 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1-c1nc2ccc(OCCCO)cc2[nH]1 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10989 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)cc(-c2nc(C3CCCCCC3)nc(N)c2C)c1 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10990 Cc1cc(OCc2cccc(/C3=N/CCC/C=C\CC3)c2)cc2ncccc12 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10991 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1-c1ccc2c(c1)CCN(CC1CCCCC1)CC2 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10992 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1CN1CCC(C(=O)O)CC1 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10993 Cc1cc(Oc2ccc(NC(=O)c3cccc(C(F)(F)F)c3)cc2)ccc1C(=O)N1CCC(C)(C)CC1 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10994 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)cc2cccc(C#N)c12 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10995 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)F)c2)cc2cc(C(N)=O)ccc12 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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