DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
10921 Cc1ccc(-c2nc(Nc3ccc(N4CCN(C(C)C)CC4)cn3)ncc2C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 5C1W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10922 Cc1ccc(-c2cc(C(=O)/N=C/c3c(C(=O)NC(C)(C)C)ccc(F)c3F)cc(C(F)(F)F)c2)cc1 AlphaDrug 5C1W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10923 CC(C)(C)NC(=O)c1ccc(F)c(F)c1CNC(=O)c1cc(-c2ccc(F)c(NC3CCC(O)CC3)n2)cc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 5C1W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10924 CC(C)(C)NC(=O)c1ccc(F)c(-c2cc(C3CCCCC3)nc(NCCN3CCOCC3)n2)c1 AlphaDrug 5C1W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10925 Cc1ccc(-c2cc(C(=O)NCc3c(C(=O)NC(C)(C)C)ccc(F)c3F)cc(C(F)(F)F)c2)cc1OCC1CC1 AlphaDrug 5C1W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10926 CC(C)(C)NC(=O)c1cc(-c2ccc(F)cc2)ccc1NC(=O)Nc1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 5C1W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10927 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)cc(-c2cccc(CCC3(C(=O)N4CCCC4)CCCC3)c2)c1 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10928 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)cc(CCC2CC2)c1-c1ccc(OC2CCCC2)c(O)c1 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10929 Cc1cc(Oc2cccc3ccccc23)ccc1-c1ccc2[nH]c(=O)[nH]c2c1 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10930 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1-c1ccc2ncccc2c1C AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10931 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1-c1ccc(C2=CCCCC2)s1 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10932 Cc1cc(-c2ccc(CCC3CCCCC3)c(NC(=O)C3CCCCC3)c2)ncn1 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10933 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1-c1ccc(C2=CCCCC2)nc1C AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10934 Cc1cc(OCc2cccc(NC(=O)C3CCCCCC3)c2)ccc1C(=O)N1CCC(CC2CCCC2)CC1 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10935 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1-c1ccc2c(c1)C(C)(C)C(O)CCC2 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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