DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
10906 CN1C=CN(C(=O)c2ccc(Oc3cccc(CC(=O)NCC(=O)O)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 5E2L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10907 COc1cccc(CC2=CCCC=CC2(C)C)c1O AlphaDrug 1K9T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10908 CC(=O)N1CCCN(C2CCCCN(c3cc(C(=O)O)cc(C(=O)N4CCCN(C(=O)N5CCCCC5)CC4)c3)C2)CC1 AlphaDrug 1K9T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10909 COc1cccc(CC2=CCN(S(=O)(=O)c3ccc(NC4CCCCC4)cc3)CC3CCCCC23)c1 AlphaDrug 1K9T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10910 COc1cccc(CCC(=O)N2CCN(C)C3(CCN(C(=O)C4CCCCCC4)CC3)C2)c1 AlphaDrug 1K9T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10911 CC(=O)N1CCCC(NC2CCN(C(=O)N3CCCCC3)CC2)CC1 AlphaDrug 1K9T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10912 COc1cccc(CC2=CCN(S(=O)(=O)c3ccc(N)cc3)CC3CCCCC23)c1 AlphaDrug 1K9T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10913 CC(=O)N1CCCN(C2CCCCN(c3cc(OCCC4CCCCC4)nc(N)n3)C2)CC1 AlphaDrug 1K9T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10914 CC(=O)N1CCCC(C/C=C/CCCCCCCCCC(=O)NC2CC=CCCC2)CC1 AlphaDrug 1K9T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10915 CC(=O)N1CCCN(C2CCCCN(c3cc(C(=O)O)cc(C(=O)NC4CCCCC4)c3)C2)CC1 AlphaDrug 1K9T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10916 CC(=O)N1CCCC(NC2CCN(C3CCCN(C(=O)C4CCCCCC4)C3)CC2)CC1 AlphaDrug 1K9T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10917 Cc1c(-c2ccc(C(=O)O)cc2)nnn1-c1ccc(C(=O)NC(C)(C)C)cc1 AlphaDrug 5C1W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10918 CC(C)(C)NC(=O)c1ccc(F)c(Nc2ccc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)cc2)n1 AlphaDrug 5C1W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10919 CC(C)(C)NC(=O)c1ccc(F)c(F)c1CNC(=O)c1cc(-c2ccccc2)ccc1N AlphaDrug 5C1W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10920 CC(C)(O)CNC(=O)c1ccc(-c2cc(C(=O)O)ccc2Cc2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5C1W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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