Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
10861	CC12OC(CCC(O)C(=O)/N=C/Cc3ccccc3)CCC1(C)N(C1CC1)CCc1ccc(-c3ccc(F)c(F)c3)cc12	AlphaDrug	4W9I	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10862	CC(=O)Nc1ccc(SC2CCN(c3ccc(-c4cccc(C(=O)NC5CC5)c4)cc3)CC2)cc1	AlphaDrug	4W9I	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10863	COP(=O)(O)OCC1(O)CC2OC1(C)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C=NC4=O	AlphaDrug	4W9I	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10864	CC1(O)CC2OC1(C)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C=NC4=O	AlphaDrug	4W9I	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10865	NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nccc(-c3cccc(Oc4ccccc4)c3)n2)cc1	AlphaDrug	4W9I	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10866	CC12OC(CC1(O)CO)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	4W9I	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10867	CC(C)(Oc1ccc(-c2cc(NS(=O)(=O)c3ccccc3C(F)(F)F)cc3ccccc23)cc1)C(=O)O	AlphaDrug	5T7S	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10868	CC(C)(Cc1cccc2ccccc12)C(=O)NC(=O)c1cccc(-c2cccc(C(N)=O)c2)c1	AlphaDrug	5T7S	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10869	CC(C)(Oc1ccc(-c2cc(C(NC(=O)c3ccccc3)c3ccccc3)nc3ccccc23)cc1)c1ccccc1	AlphaDrug	5T7S	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10870	CC(C)(Oc1ccc(-c2cccc3ccccc23)cc1)c1cc(Cl)cc(C(=O)NC2CCC(C(=O)O)CC2)c1	AlphaDrug	5T7S	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10871	CC(C)(Oc1ccc(-c2cccc3ccccc23)cc1)c1ccc(-c2ccccn2)cc1	AlphaDrug	5T7S	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10872	CC(C)(Oc1ccc(C(=O)NC(=O)c2ccccc2)cc1)c1ccc(C(N)=O)cc1	AlphaDrug	5T7S	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10873	CC(C)(Oc1ccc(-c2cccc3ccccc23)cc1)c1cc(Cl)cc(C(N)=O)c1	AlphaDrug	5T7S	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10874	CC(C)(Oc1ccc(-c2cccc3ccccc23)cc1)c1ccc(C(NC(=O)C2CC2)C(N)=O)cc1	AlphaDrug	5T7S	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10875	CC(C)(Oc1ccc(-c2cccc3ccccc23)cc1)c1cccc(C(=O)O)c1	AlphaDrug	5T7S	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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