DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
10876 CC(C)(Oc1ccc(-c2cccc3ccccc23)cc1)c1cc(Cl)cc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 5T7S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10877 CC(C)c1nc(C2(C(=O)NC3CCCCC3)CCCC2)sc1C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)O AlphaDrug 5T9Z ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10878 CC(C)c1nc(C(=O)NCCCc2cccc3ccccc23)sc1C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)O AlphaDrug 5T9Z ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10879 COc1cc2cc(C(=O)NC(Cc3ccccc3)C(=O)O)ccc2cc1Cc1ccccc1 AlphaDrug 5T9Z ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10880 CC(C)c1nc(C(=O)NC(Cc2cccc(N)c2)C(=O)O)sc1C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)O AlphaDrug 5T9Z ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10881 CC(C)c1nc(C(=O)NC2(C3CCCCC3)CCCCC2)sc1C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)O AlphaDrug 5T9Z ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10882 CC(C)c1nc(C(=O)NC2(C(=O)Nc3cccc(N)c3)CCCCC2)sc1C(=O)NC(COCc1ccccc1)C(=O)O AlphaDrug 5T9Z ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10883 CC(C)(Oc1cc(C(=O)NCCCc2ccccc2)cc(S(=O)(=O)c2ccc(C3CCCCC3)cc2)c1)C(=O)O AlphaDrug 5T9Z ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10884 Cc1ccc(C(=O)O)nc1CCCNC(=O)c1nc(C(C)C)c(C(=O)NC(Cc2ccccc2)C(=O)O)s1 AlphaDrug 5T9Z ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10885 O=C(NCCC1CCCN(c2nc3ccccc3o2)C1)c1ccc(O)cc1 AlphaDrug 5T9Z ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10886 CC(C)c1nc(C(=O)NC2(Cc3ccccc3)CCCCC2)sc1C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)O AlphaDrug 5T9Z ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10887 Cc1ccc(-c2nnc(C(=O)NCCCC3CCCCC3)o2)cc1 AlphaDrug 4Z84 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10888 Cc1ccc(C(=O)NC2CCN(C(=O)CCc3cccc(-c4ccccc4)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 4Z84 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10889 CCOC(=O)c1ccc(-c2ccc(C(=O)NCCCC3CCCCC3)nc2)cc1 AlphaDrug 4Z84 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10890 CC(C)(C)c1ccc(-c2ccc(C(=O)NCCCC3CCCCC3)nc2)cc1 AlphaDrug 4Z84 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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