DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
10816 CC(C)N(C)Cc1cc(C(=O)NCC(=O)NC(Cc2ccccc2)C(N)=O)ccc1C(=O)N1CCC2(CN(C(=O)NC3=CC(C)(C)CC3)C2)C1 AlphaDrug 5AOL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10817 CC(C)(C)c1ccc(-c2ccc3cccc(C(=O)NC4CCN(c5cccc(C(F)(F)F)c5)CC4)c3c2)cc1 AlphaDrug 5AOL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10818 O=C(O)c1ccc(-n2nnc(-c3ccc(C#CCO)cc3)c2NC(CO)COc2ccc(N3CCNCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 6G35 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10819 O=C(O)c1ccc(CC(=O)N2CCC(c3ccc(-c4ccccc4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 6G35 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10820 O=C(O)c1cccc(NC(=O)N2CCC(c3ccc(-c4ccccc4)cc3)CC2)c1 AlphaDrug 6G35 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10821 O=C1CCC(CCCc2ccc(C(=O)O)cc2)CN1 AlphaDrug 6G35 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10822 Nc1ncc(-c2ccc(N3CCC(NC4CC4)CC3)cc2)nc1-c1ccc(C(=O)NCCC(O)CO)cc1 AlphaDrug 6G35 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10823 O=C(O)CCCC(CCCO)/N=C(\Cc1ccccc1)NS(=O)(=O)c1cccc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 6G35 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10824 COc1ccc(C2CNCC(O)C2OC(C)/C(C)=C/COc2ccc(-c3nc(C(=O)O)cs3)cc2)cc1 AlphaDrug 6G35 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10825 N#Cc1c(-c2cccc(C(=O)NCCc3ccc(C(=O)O)cc3)c2)nnn1CCCc1ccccc1 AlphaDrug 6G35 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10826 O=C(O)c1ccc(Oc2ccc(N3CCC(NC4CCCCC4)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 6G35 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10827 O=C(O)c1cccc(OCc2ccccc2)c1 AlphaDrug 6G35 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10828 Cc1nc2c(-c3cnc(N)c(N)n3)cccc2n1C1CCCC(C(C)(C)O)C1 AlphaDrug 5WCM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10829 Cc1ccc(-c2cnc(N)c(-c3ccc(C4=CC(C(C)(C)O)CC4)cc3)n2)cc1 AlphaDrug 5WCM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10830 CC(C)(O)C1C=C(c2ccc(-c3nc(-c4ccc(C(=O)NC5CCC(O)C5)cc4)cnc3N)cc2)CC1 AlphaDrug 5WCM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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