Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
10786	Cc1sc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)c(C)c1C(=O)NC(CC(C)C)c1cccc(NC(=O)c2ccsc2)c1	AlphaDrug	6PVW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10787	Cc1sc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)c(C)c1C(=O)NC(CC(C)C)c1cccc(NC(=O)c2ccc(O)cc2OC2CCNCC2)c1	AlphaDrug	6PVW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10788	CC(C)(O)C1CCCN(c2cc(-c3cnc(N)c(C4CCCCC4)c3)ccn2)C1	AlphaDrug	4R73	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10789	CC(C)(Nc1cc(-c2cc(O)ccc2OC(F)(F)F)ccn1)C(=O)O	AlphaDrug	4R73	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10790	NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nccc(-c3cccc(NC4CCCCC4)c3)n2)cc1	AlphaDrug	4R73	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10791	CC(C)(C(=O)O)c1ccc(Nc2ncc3cc(-c4cccc(CN5CCNC(=O)NC5=O)c4)cnn23)cc1	AlphaDrug	4R73	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10792	C/C(=C\C(C)(C)O)C(=O)Nc1cc(NC(=O)NC2CCCN(c3ccc(-c4nc5c(Cl)cccc5[nH]4)cc3)C2)cnn1	AlphaDrug	4R73	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10793	CC(C)(C(=O)O)c1ccc(NC(=O)NC2CCCN(c3ccc(-c4cnc5c(N)nccnc4-5)cc3)C2)cc1	AlphaDrug	4R73	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10794	CN1CCN(c2ccc(Nc3nc(NC4CCNCC4)c4ccc(C(F)(F)F)cc4n3)nn2)CC1	AlphaDrug	4R73	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10795	CC(C)(C(=O)O)c1ccc(Nc2nc(NC3CCOC3)n3nc(-c4ccc(OC(F)(F)F)cc4)nc3n2)cc1	AlphaDrug	4R73	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10796	CC(C)(C(=O)O)c1ccc(NC(=O)Nc2ccc(Cl)c(-c3cnc(N)nc3)c2)cc1	AlphaDrug	4R73	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10797	CC(C)(C(=O)O)c1ccc(Nc2ncc(-c3ccnc(N)n3)o2)cc1	AlphaDrug	4R73	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10798	CC(C)(C)NS(=O)(=O)c1ccc(NC(=O)c2cccc(Nc3nc(-c4ccccc4)nc4ccccc34)c2)cc1	AlphaDrug	6OQC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10799	CC1(C)CCN(c2cc(C(=O)O)cc(NCc3c[nH]c(-c4ccccc4C(F)(F)F)c3)n2)CC1	AlphaDrug	6OQC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10800	Cn1cc(-c2ccc(NC(=O)C3CC3)cc2)c2c(-c3ccnc(N4CCN(C(C)(C)C)CC4)c3)nc(Nc3ccc(C(F)(F)F)cc3)nc21	AlphaDrug	6OQC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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