DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
10726 O=C(NC1CCCCCC1)c1ccc(-c2cc(F)c(O)c(Oc3ccc(O)c(O)c3)c2)o1 AlphaDrug 6BBX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10727 Nc1nc(-c2cccc(O)c2)nc2oc(=O)cc(-c3cc(O)c(O)cc3F)c12 AlphaDrug 6BBX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10728 O=c1occc2c(-c3cc(Oc4cccc5ccccc45)c(O)cc3F)cccc12 AlphaDrug 6BBX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10729 Oc1cc(F)c(-c2cccc3cnccc23)cc1Oc1cccc2c(O)cccc12 AlphaDrug 6BBX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10730 O=C(O)c1ccc(-c2cc(Oc3ccc(C(F)(F)F)cc3)c(O)cc2F)cn1 AlphaDrug 6BBX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10731 O=C(O)C#CC(=O)Nc1cccc2c(Oc3cc(-c4cccc(O)c4)c(F)cc3O)cccc12 AlphaDrug 6BBX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10732 O=C(O)N1CCC(Oc2ccc(-c3cc(Oc4cccc5c(O)cccc45)c(O)cc3F)cc2)CC1 AlphaDrug 6BBX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10733 CC(C)(O)CN1CCCC(Nc2ccc(COc3ccc(OC(F)(F)F)cc3)cc2)C1 AlphaDrug 5O9Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10734 CC(C)(O)c1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc(F)cc2)cc1-n1nccn1 AlphaDrug 5O9Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10735 Cc1ccc(-c2cnc(C)c(NCc3ccc(C(C)(C)O)cc3OC(F)(F)F)n2)cn1 AlphaDrug 5O9Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10736 CC(C)(O)c1ccc(C(C)(C)NC(=O)c2cnc(NC3CC3)nc2-c2cccc(N3CCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 5O9Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10737 CC(C)(O)c1cc(-c2ccc(C#CC3(NC(=O)CN4CCCCC4)CCCCC3)nc2)ncn1 AlphaDrug 5O9Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10738 Cc1nc2ccc(-c3ccc(C(=O)NC4CCCCC4CNC(=O)c4ccc(C(C)(C)O)cc4)cc3)cn2n1 AlphaDrug 5O9Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10739 CCn1cc(CC(NC(=O)c2ccc(C(C)(C)O)cc2)C(=O)NCC2CCCCC2)nn1 AlphaDrug 5O9Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10740 CC(C)(O)c1ccc(-c2cc3c(O)cccc3o2)cc1 AlphaDrug 5O9Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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