DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
10711 CC(C)C(=O)N1CCC(Nc2nc(Cl)ccc2Cc2ccc(C(=O)O)cc2)CC1 AlphaDrug 6DH1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10712 CC(C)c1ccc(-n2[nH]c3ccc(C4CCCC/C4=N\C(=O)c4cncnc4)cc32)cc1 AlphaDrug 6DH1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10713 COc1ccc(C2CCN(C(=O)CC3CCN(C(=O)NC(C)(C)C)CC3)C2)cc1 AlphaDrug 6KJD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10714 COc1ccc(C(=O)Nc2cc(O)cc(C(=O)NC3CCN(C(F)(F)F)Cc4ccccc4C3)c2)cc1 AlphaDrug 6KJD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10715 COc1ccc(C2CCN(Cc3ccc(-c4nnn[nH]4)cc3)CCN2)cc1 AlphaDrug 6KJD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10716 COc1ccc(C2CCCN(C(=O)C(Cc3ccc(CN)cc3)NC(=O)OCc3ccccc3)C2)cc1 AlphaDrug 6KJD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10717 COc1ccc(C2CCN(C(=O)C3CCN(C(=O)NCC(=O)N4CCCC4)CC3)C2)cc1 AlphaDrug 6KJD ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10718 COc1ccc(C2CCN(C(=O)C(Cc3cnc[nH]3)NC(=O)OC(C)(C)C(C)C)C2)cc1 AlphaDrug 6KJD ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10719 COc1ccc(C2CCN(C(=O)CC3CCN(C(=O)NCc4ccc(-c5cc(Cl)cc6ccccc56)cc4)CC3)C2)cc1 AlphaDrug 6KJD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10720 CC(C)Oc1cc(C(=O)NC2CCN(C(=O)N(C)C)CC2)cc2ccc(O)cc12 AlphaDrug 6KJD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10721 COc1ccc(C2CCN(C(=O)CC3CCN(C(=O)NCc4ccc(-c5cc6cc(F)ccc6o5)cc4)CC3)C2)cc1 AlphaDrug 6KJD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10722 COc1ccc(C2CCN(C(=O)CC3CCN(Cc4ccc5ncccc5c4)CC3)C2)cc1 AlphaDrug 6KJD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10723 O=C(C1CC1)N1CCC(Nc2cc(Oc3cc(-c4ccc(F)cc4)c(F)cc3O)ccc2O)CC1 AlphaDrug 6BBX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10724 O=S(=O)(NC(c1ccccc1)C1CCCCC1)c1cc(-c2cccc3cnccc23)ccc1O AlphaDrug 6BBX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10725 O=C(O)c1ccc(-c2cc(Oc3cccc4c(O)cccc34)c(O)cc2F)s1 AlphaDrug 6BBX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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