Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
10666	CC(C)(Oc1cccc(-c2ccc(N3CCN(S(=O)(=O)CC4CC4)CC3)nc2)c1)c1ccc(Cl)cc1	AlphaDrug	6T1J	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10667	CC(C)(Oc1cccc(-c2cc(C(=O)NC3CC3)cc3[nH]c(=O)[nH]c23)c1)C(=O)NCc1cccc(OCC(=O)O)c1	AlphaDrug	6T1J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10668	CC(C)(Oc1cccc(-c2ccc(N3CCN(C(=O)Cc4cccc5cccnc45)CC3)nc2)c1)C(=O)NS(=O)(=O)c1ccccc1	AlphaDrug	6T1J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10669	CC(C)(Oc1cccc(-c2ccc(N3CCN(C(=O)C4CC4)CC3)nc2)c1)c1cccc(C(F)(F)F)c1	AlphaDrug	6T1J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10670	CC(C)(Oc1cccc(-c2ccc(N3CCN(C(=O)CNCC4CCCCC4)CC3)nc2)c1)C(=O)NCc1cccc2ccccc12	AlphaDrug	6T1J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10671	CC(C)(Oc1cccc(-c2ccc(N3CCN(C(=O)C4CC4)CC3)nc2)c1)c1cccc(-c2cc(C(=O)O)cc(=O)[nH]2)c1	AlphaDrug	6T1J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10672	CC(C)(Oc1cccc(-c2ccc(N3CCN(S(=N)(=O)c4cccc5ccccc45)CC3)nc2)c1)C(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(Cl)cc1	AlphaDrug	6T1J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10673	O=C1CCCNC1c1ccc2ccccc2n1	AlphaDrug	5VIJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10674	O=C1CN(c2ccc3ccccc3n2)C(=O)N1	AlphaDrug	5VIJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10675	O=C1NC(=O)C(c2cc3c(cc2OCc2ccccc2)OCCO3)NC1=O	AlphaDrug	5VIJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10676	O=C1NC(=O)C2(CCCN(Cc3ccc(Cl)cc3)C2)C(=O)N1Cc1cccc(Oc2ccccc2)c1	AlphaDrug	5VIJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10677	Nc1nc2ccc(Cl)cc2c(=O)n1-c1ccccc1OCC1CCN(C(=O)c2ccc(F)cc2)CC1	AlphaDrug	5VIJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10678	O=C1NC(=O)N(c2ccc(CN3CCC(=Cc4cnc(N5CCCCC5)[nH]4)CC3)cc2)C1=O	AlphaDrug	5VIJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10679	O=C1NC(=O)C2(CCN(c3ccccc3Cl)CC2)CN1c1ccccc1	AlphaDrug	5VIJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10680	O=C1N=C(/N=C/c2ccccc2)C(=O)NC1=O	AlphaDrug	5VIJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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