Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
10681	O=C1NC(=O)C(c2ccc3ccccc3c2)NC1=O	AlphaDrug	5VIJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10682	O=C1CC(c2ccccc2)/C(=C/c2c[nH]c3ccccc23)C(=O)N1	AlphaDrug	5VIJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10683	CC1(C)CCC(Oc2ccc(C(Oc3ccc(N4CCC(Nc5ncn[nH]5)CC4)cc3)(C(=O)O)c3ccc(F)cc3)cc2)CC1	AlphaDrug	5NE5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10684	Cn1nnnc1-c1cccc(-c2nc(NC3CCC(C)(C)CC3)c3cc(-c4ccccc4)ccc3n2)c1	AlphaDrug	5NE5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10685	CC1(C)CCC(Oc2ccc(C(Oc3cc(-c4ccc(Cl)cc4)ccc3C(=O)O)(C(=O)O)c3ccccc3)cc2)CC1	AlphaDrug	5NE5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10686	CC1(C)CCC(Oc2ccc(C(N)(Oc3ccc(N4CCC(Oc5cc(-c6ccccc6)ccc5C(=O)O)CC4)cc3)C(=O)O)cc2)CC1	AlphaDrug	5NE5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10687	CC1(C)CCC(Oc2ccc(N(Cc3ccc(-c4ccccc4)cc3)S(=O)(=O)c3ccccc3)cc2)CC1	AlphaDrug	5NE5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10688	CC1(C)C=CC(Oc2ccc(N3C(=O)CCCC34CCC(Nc3ncn[nH]3)CC4)cc2)CC1	AlphaDrug	5NE5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10689	CC(C)C(=O)N(c1ccccc1)C1CCN(c2ccc(OC(C(=O)O)(c3ccc(OC4CCC(C)(C)CC4)cc3)c3ccccc3Cl)cc2)CC1	AlphaDrug	5NE5	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10690	CC(CC(=O)O)c1ccc(Cl)c(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3ccccc3)cc2)c1	AlphaDrug	5NE5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10691	CC1(C)CCC(Oc2ccc(C(CC3CC3)(Oc3ccc(N4CCC(Oc5ccccc5)CC4)cc3)c3ccc(Cl)cc3)cc2)CC1	AlphaDrug	5NE5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10692	CC(C)C(=O)N(c1ccccc1)C1CCN(c2ccc(OC(C(=O)O)(c3ccc(OC4CCC(C)(C)CC4)cc3)c3ccccc3F)cc2)CC1	AlphaDrug	5NE5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10693	Cn1c(=O)[nH]c2cccc(-c3nc(-c4ccc(-c5ccc(F)cc5)cc4)cc(C(C)(C)CO)n3)c21	AlphaDrug	4UND	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10694	CC(C)(CO)c1cc(-c2ccc(-c3ccc(F)cc3)cc2)nc(-c2cccc3[nH]c(=O)n(CC4CCCCC4)c23)n1	AlphaDrug	4UND	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10695	CC(C)(CO)c1cc(-c2ccc(S(N)(=O)=O)cc2)nc(-c2ccccc2)n1	AlphaDrug	4UND	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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